蜂蜜与四叶草2

　　神山高志（樱井孝宏 配音）是一个看上去非常平凡的普通青年，却在误打误撞之中进入了克罗马帝高校就读。克罗马帝高校在当地臭名昭著，号称是坏人的巢穴，犯罪分子的摇篮，在这里，手无寸铁身形瘦弱的神山会遭遇怎样的经历呢？
　　表面看似是超级凶狠的不良少年，其实却意外的有家教的林田慎二郎（铃木琢磨 配音）、拥有高强战力，却无法阻止同学们到自己家里聚会的前田彰（稻田彻 配音）、无论以哪种方式看都是机器人，但却并不知道自己是机器人的机械泽新一（若本规夫 配音）、克罗马帝高校的王竹之内丰（内藤玲 配音），很快，神山就结识了一帮志同道合的“朋友”。

　　成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

很偶然的情况下，蜜蜜露碰到了传闻中的司，但却发现司是个很难相处的人，而且在他身边的怪物更伤害了不少玩家。在数次接触后，蜜蜜露了解到司的遭遇和状况后，并愿意成为他的朋友……昂，也开始注意到司……                                                                      　　司被红衣骑士团定为危险人物，尽管昂竭力阻止，但司最终被制服并压入地牢……与昂的倾诉后，司对昂产生了信任和依赖的感觉……而此时，怀着不良意图的楚良正前往救司……                                                                      　　帮助司的希望被寄托在一些破碎的线索上。经过整理，BT解开曙光之眼的迷题，通向被遗忘的场所的门出现……在颠倒的空间里，司、贝尔和蜜蜜露遇见了语无伦次的哈罗露得修维克，但却得不到任何解释而失望……此时空间开始崩塌，在逃跑时，司被杀了……                                                                      　　尽管司并没有消失，但受到沉重打击的他再次选择了逃避。在迷惑、怯懦下停滞不前的司，得到朋友的鼓励和支持，终于重新振作。昂更为了司的事，与银汉不和，最后导致了骑士团的解散……而失去保护的昂，遭到了攻击……“为什么你会在这里？”“因为我觉得在这里的话，就能见到你。”司搂着昂遍体鳞伤的身体……昂哭了……                                                                      　　司带昂去见哈罗露得修维克口中的“她”（亚尔拉），但却发现她消失了……在昂离开后，由于背叛了“她”，司的精神被摧毁了……而另一面，贝尔找到了艾尔巴帮忙，当再次与哈罗露得修维克相遇后，昂意外地得知司是令亚尔拉苏醒的关键……                                                                      　　到了约定的时间，艾尔巴开启了通往最后战场的传送门……而神智恢复后的司，又一次失去了信心。但当听克里姆说了昂的事后，司在苦苦等待的昂的面前出现了……跟着，他们步入了传送门……

　　堀京子（户松遥 配音）是长相漂亮，穿戴又十分时尚的潮流女孩，在学校里颇有一番人气。可一回到家，为了照顾年幼的弟弟和方便做家务，京子会换上非常土气的居家服，常年不在家的母亲让京子在不知不觉中扮演了代替者的角色，但这样地味的一面，可千万不能让学校的同学们知道啊！                                    
                               　　一天，一个 耳朵上打满了耳洞的刺青男敲响了京子家的大门，穿着居家服的京子去看们，让她没有想到的是，眼前这个潮男，竟然是平日里在班上被评价为宅男的宫村伊澄（内山昂辉 配音），原来宫村和京子一样，过着隐秘的双重生活。以弟弟为契机，宫村开始频繁的拜访京子家，两人以他们的真面目相对，心与心之间的距离逐渐缩短。