Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
当艾伦释放出巨人的终极力量时，世界的命运岌岌可危。怀着消灭所有威胁艾尔迪亚的人的强烈决心，他率领一支不可阻挡的巨人大军向马莱进击。
将肉体与“齿轮技术”融合的究极格斗技——“MEGALO BOX”，将自己的全部赌在上面的男人们的热血战斗开始！ 今天也立于未认可地区的赌博比赛赛场上的MEGALO拳击手“Junk Dog”。虽然具备实力，却只有靠比赛造假赚钱这一条生存之道，他为自己的“现在”感到心焦。 但，他与孤高的冠军·勇利相遇，作为MEGALO拳击手，作为男人，向自己的“现在”发起挑战——。
无论外表还是内在，相川步（间岛淳司 配音）都只能说是一个平凡无奇的普通少年，然而，一次诡异的遭遇却彻底改变了他原本波澜不惊的生活。社会上流传着令人闻之色变的连环杀人案，相川步做梦都没有想到，某一天，他会和这一案件扯上关系，而在案件中，他的身份是“被害者”。 本以为短暂的一生就此走向终结的相川步眼前出现了名叫优（月宫绿 配音）的神秘少女，正是少女的力量令相川步获得了起死回生的“特殊待遇”，然而，尽管相川步回归了人间，但他再也不能够重新做回人类，而是变成了僵尸。就这样，相川步被卷入了魔法少女和吸血忍者们所构成的奇异世界之中，会有怎样的故事在等待着他呢？
