数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
瓜皮头、蝴蝶结、锐利冰冷的眼神以及乖张的举止，是年仅4岁的幼儿园小女生小季子的经典标志。相较于同龄小朋友，这个女孩似乎过于成熟，她不屑于说没用的废话，“沉默是金”是无上的真理，而往往一出口便令听者瞠目结舌。她讷于言而敏于行，拥有可媲美忍者的矫健身手。 她还用“外星人”密码写日记、在劳作课上做出抽象立体派雕像、爱观察昆虫交配。除此之外当然也有一些搞怪的小毛病，比如会自己洗澡却忘记关浴室门，会擦全家人的皮鞋却不会系鞋带。这真是一个让爸爸妈妈哭笑不得的酷娃娃……
文月学园采用根据科学、偶然性和神秘学所开发的“测验召唤系统”，让感叹学历低落的学生之间掀起了一股新的风潮。在这所依照分班考试成绩严格实行分班的学园里，男主角吉井明久自信满满地等待着测验结果，结果却被分到最差的班级F班！同时，考试坐在明久身边的姬路瑞希因病患发作，优异的成绩作废，同样被分到F班。明久为了改善瑞希的学习环境，只能尽用班级之间的测验召唤战争提升设备。
距今大约3万年前，地球上生活着两个高等民族——穆族和亚特兰蒂斯族。穆族人民热爱和平，以大白鲸作为图腾；亚特兰蒂斯族则以老鹰作为图腾，争强好胜，好勇斗狠。随着科学的高度发达，优渥的生活条件渐渐无法满足亚特兰蒂斯人的贪婪欲望，他们向穆族发动战争。为了避免地球灭亡，穆族和对手达成协议，即亚特兰蒂斯族从此迁至外太空，自己这一方则沉入大海，还地球以和平。 1982年，天现异相。因能源缺乏，亚特兰蒂斯族大太空大军重新飞还地球。与之相对，穆族预言者拉姆（武岡淳一 音）将大脑与大白鲸相连，构成一个强大的超级兵器。同时他们还集结了白银剑、白诚让、白鸟丽、白风信和白川学5位转生的穆族勇士。绵亘3万年的战争即将再次爆发……
「前章」が2005年12月17日から、「後章」が翌年の2006年12月15日から先行放送され、各章とも先行放映翌年からDVDが発売された。クライマックスの黄金聖闘士12人全員集結の場面では、アイオロス役の屋良有作が19年ぶりに『聖闘士星矢』への参加となった
