冈崎由真（加隈亚衣 配音）是一个性格非常单纯的可爱女孩，正在同名叫武田（逢坂良太 配音）的男生交往。对于爱情一窍不通的由真常常会因为武田的热情而感到不知所措，因此总是和自己的青梅竹马水科萤（五十岚裕美 配音）商量。于是，萤开始了对由真的“爱情特训”，在练习中，两人难免会有些肢体上的亲密举动，让由真没有想到的是，自己的内心竟然会因为萤的触碰而小鹿乱撞。 水科萤也有着在交往的额男友藤原（小野大辅 配音），藤原虽然看上去漠视一切，但实际上格外的敏感，他渐渐意识到了女朋友对于由真的异样的感情。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
在遥远的未来，一班时间罪犯进行非法行为使历史也被错乱修改，所以地球也成立了公共机关“时间保护局”，来监视这些非法篡改历史的罪犯，并将他们用“冷冻压缩”的刑罚绳之以法，这时“时间保护局”收到报告，在隆德监狱所有罪犯的手下假扮成守护者，趁被冷冻之际，则趁机杀害所有的时间守护者，然后将隆德监狱据为己有，并组成了犯罪集团“洗钱帮”引诱时光机器进行时光旅行，时间设定为来到公元2000年的日本。 四位来自公元3000年的时间守护局成员优理、土门、绫濑、席恩，为追捕逃走的时间罪犯唐‧多尼洛与其“洗钱帮”的党羽，与时间保护局战队队长龙也（リュウヤ）[1]来到一千年前的二十世纪，但原来眼前的龙也队长竟是洗钱帮的莉拉（リラ）所假扮，加上时光机受到破坏暂时回不了未来世界，洗钱帮也开始为了金钱四处作恶，但是手上的五个时间变身器“Chrono Changer（クロノチェンジャー!）”启用时必须要有五名使用者同时起动，所以四人将误打误撞来到时光机坠毁的海滩，与龙也长相一模一样的20世纪人浅见竜也拉进阵容中，开始了时连者逮捕洗钱帮归案的战斗。 其后浅见竜也为了摆脱家族带来的困扰而离家，与四位未来人在东京都品川区的一个房子住下来，成为时连者的基地，又因脱离家族没有经济来源，所以成立了“TOMORROW RESEARCH”，开始做起万事通（替委托人承担各类工作）的生意。后来又出现了新的机器人与变身器，加上竜也的旧友泷泽直人，也成了拥有与时连者同等力量的竞争对手。 但随着局势发展，竜也他们渐渐发现原来打从一开始，就有意想不到的阴谋正在酝酿……
阿良良木历（神谷浩史 配音）正在为了即将到来的考试进行着刻苦的准备，一次偶然中，阿历发现镜子里竟然映不出自己的身影，惊慌失措的他找到了专门研究不思议事件的斧乃木余接（早见沙织 配音）和影缝余弦（白石凉子 配音），让阿历没有想到的是，两人竟然告诉他，他即将要变成吸血鬼了。 某日，一股邪恶的势力出现，阿历的两个妹妹火怜（喜多村英梨 配音）和月火（井口裕香 配音）遭到了绑架，同时失踪的还有独臂少女神原骏河（泽城美雪 配音），目的只有一个，那就是逼迫阿历就范。就这样，阿历和余接一起踏上了救援的旅途，最终，他能否抵抗命运，并且救回生命中重要的人们呢？
