容姿端丽、最强无敌学生会长黑神目泷为你解决问题！ 一年十三组的黑神目泷入选成为箱庭学园第98代学生会长，她在选举战中根据公约设立“意见箱”。 “你们的梦想是你们自己的所有物，自己挑战就要自己实现，但是，你们的烦恼是我的所有物，一点不剩全部交给我吧！！！” 于是，黑神和她的青梅竹马“人吉善吉”开始共同解决学生们投递的案件。意见箱人送外号“黑神箱”，获得学生们一致好评，但是……
人类消失后，地球经历了漫长的岁月。 位于日本首都东京银座的「银河楼」酒店，至今仍在营业中。 工作人员是以酒店机器人八千代为中心，在各个部门工作的员工机器人们。它们一边等待老板的归来和再次迎接人类的时刻，一边在没有住客的酒店里专心致志地工作，这样的日子仿佛永无止境。 而对于这样的八千代等人，现在，小小的奇迹即将发生——
故事开始于冰冷而又黑暗的王国纳里亚蒂亚，为了令这个国家重新燃起生命的气息，王子命令Animaru（石馆光太郎 配音）前往人间，去寻找传说中的战士。 个性天真开朗，阳光乐观的丽（深川芹亚 配音）、看上去十分傲娇，但实际上非常会照顾人的花日（古贺葵 配音）、个性冒冒失失但成绩却十分优秀的稻穗（桑原由气 配音）成为了三名被Animaru选中的魔法少女。纳里亚蒂亚王国状况的日益恶化会影响到人类世界的运作，所以，三个女孩身上背负的，不仅仅是保护纳里亚蒂亚王国的任务，还有保护全人类。为了收集魔力，女孩们必须让更多的人绽放笑容。
为了赢得真正的胜利，调查军团决定执行夺回玛利亚之墙的作战。作战内容是利用艾伦的硬质化能力将位于玛利亚之墙希干希纳区城墙上的破洞封住。而且还要查明沉睡在艾伦老家地下室的「真相」。但是，「野兽巨人」等巨人就在那里等着他们！
