舞台は海と山に囲まれた都市・冬木市。 そこで行われる、ある一つの儀式。 手にした者の願いを叶えるという聖杯を実現させる為、聖杯に選ばれた七人の魔術師に、聖杯が選んだ七騎の使い魔を与える。 騎士 "セイバー" 槍兵 "ランサー" 弓兵 "アーチャー" 騎兵 "ライダー" 魔術師 "キャスター" 暗殺者 "アサシン" 狂戦士 "バーサーカー" マスターは七つの役割を被った使い魔一人と契約し、七組は、聖杯を求め、最後の一組となるまで殺し合いを繰り広げる。 その名は「聖杯戦争」。 2014年 秋、開戦 ――。
作为学校成绩名列前茅的水谷雫（户松遥 配音），实际上却有着和可爱外表超级不相配的冷漠性格。在她的眼里，将书读好，把钱赚够，这就是她梦寐以求的生活，至于其它的一切，都不过是会干扰她向目标迈进的浮云罢了。就是这样的雫，居然接到了一个非常棘手的麻烦——去给学校闻名遐迩的不良少年吉田春（铃木达央 配音）送讲义！ 虽然初次的相处并不愉快，但随着接触的深入，雫发现，吉田春并不如表面上所看到的那样乖僻的粗暴，正相反，在他高大的躯壳里，居然藏着一颗害怕伤害他人的善良的心。因为害怕伤害，所以索性就全然拒绝，这就是吉田的处事哲学。而对于吉田来说，曾经看不上眼的优等生雫，也有着天真和细腻的一面。这样的两人在误解中渐渐的相互吸引着，再加上周围一帮稀奇古怪的损友们，甜蜜又青涩的校园恋爱剧就此拉开序幕。
栗原雪（加隈亚衣 配音）是一名高中二年级的女生。个性温和而又安静的她甚至有些傻气，但深得朋友们的喜爱，对待生活和学习认真刻苦的她虽然常常会惹出小小的麻烦，但这反而增加了她的可爱度，显得是如此的楚楚动人。桃月心也（冈本信彦 配音）是比栗原雪小一岁的高中一年级男生，虽然个头比同龄人小巧，但心也展现出的却是超越了同龄人的包容和稳重。 命运让这样的两个人相遇了，栗原雪一下子就喜欢上了心也，终于，她鼓起勇气告白了，同样心动的心也接受了栗原雪的心意，两人就此开始交往，充满了甜蜜和羞涩的恋爱喜剧就此正式上演。
抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）带回时，令她的好友鹿目圆（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比（加藤英美里 配音）那里听说到魔法少女的宿命之说，不禁让她受到前所未有的触动。在杏子的建议下，小圆决定救助沙耶加，而她们即将与最强的魔女之夜（水桥香织 配音）碰面。有关魔女的前途与生命，她们走上一条凶险非常的道路…… 本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。
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