在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
夜晚，洛洛在家里玩电脑游戏，突然落雷击中大厦，洛洛被传送到一个陌生的世界里。醒来之后，洛洛发现自己竟呆在一个以他最喜欢的机战游戏作为背景的虚拟世界。过不多久，茫然的洛洛就遭到猛兽族黑铁兽的袭击，差点小命不保，幸好时光之城的大将霹雳火及时出现将他救下，才避过猛兽族的追杀。洛洛与霹雳火结识成为朋友了，命运滚轮的转动无法避免，机战世界开始书写新的章程。
全修 全て修正するオールリテイクの意味。 広瀬ナツ子は、高校卒業後アニメーターとなり、才能を開花させあっという間に 監督デビューを果たす。初監督作品は社会現象になる大ヒット。 新進気鋭の天才監督と世間でも評価され、 次回作は初恋をテーマにした劇場ラブコメ作品に決定！ しかし、人を好きになったことがないナツ子は初恋がよくわからず、 コンテが描けなくなり映画制作が行き詰る。 そんなある日、コンテ作業中に意識を失い、目が覚めるとそこは、 子供の頃に夢中になったアニメ映画『滅びゆく物語』の世界だった。
