由崎星空对神秘美少女——司一见钟情。面对星空决死的告白，她的回答是“如果你愿意和我结婚，那我就跟你交往”？！充满了星空与司的爱，可爱&高贵的新婚生活开始了！
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。 在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球， 与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。 在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
“欢迎光临，这里是咖啡店——莉贝女子学院！” 这里是虚构的大小姐学校，店员们演成清爽美丽的姐妹（Schwestern），来接待客人们的沙龙。白木阳芽平时运用演技，装出让人喜爱的样子，但她因故扮演成莉贝女子学院的学生，在里面做服务员。在那里，阳芽遇到了女学生绫小路美月，还无意中称她为“姐姐”……？ 演技与真心话盛开的服务员生活就此开始！
高度发展的都市，拉塞尔市。 在讴歌繁荣的这座城市中，动摇这个世界的巨大阴谋开始启动—— 立刻察知阴谋动向的男人·索德，为了揭露阴谋而投身于不为人知的战斗当中。但他得到的线索却只有“El Dorado”这样的关键字而已。 在战斗当中，索德遇到了一位名叫索菲的少女。索菲也在寻求着失踪的哥哥留下的讯息“El Dorado”的含义。 索菲失去了哥哥，而索德也有过失去妹妹的过去。被“El Dorado”这一字句所吸引的两人，从对方身上感受到看不见的羁绊，并开始一同行动。 就这样，各自的心意交错的旅程开始了——
