与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境
在蝴蝶屋结束修业之后，炭治郎等人抵达了下一任务的地方“无限列车”。在那里，短时间内有四十多人失踪。带着祢豆子的炭治郎与善逸、伊之助一行人，与鬼杀队的最强剑士“柱”之一的炎柱炼狱杏寿郎会合了。在通向黑暗的无限列车中，他们将面对潜伏在此的鬼。
“為せ 汝の欲することを” かつて世界を救った英雄達がいた。 数多の英雄達は〈破壊〉の力と戦い、 この世界を守ったのだ。 そして、時は流れ―― 英雄たちは歴史の彼方へと去り、 彼らの力を身に纏い戦う〈継承者〉と呼ばれる 少年少女達に世界の運命は託されることとなった。 〈継承者〉の頂点に立つ〈セブンナイツ〉の一人、 少女ファリアは押し寄せる〈破壊〉の軍勢との戦いの中、 ネモと名乗る一人の少年を救う。 激戦の中、 ネモは自らも知らぬままに〈英雄〉の力を喚起し、 〈継承者〉としての力を振るう。 だが、彼の〈英雄〉は 誰も知らぬ、誰も語らぬ者だった。 そしてこの時より始まるのだ。 過去と現在の交錯する魂の旅路が――
