在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
寄宿大学生高桥美咲（樱井孝宏 配音）和大作家宇佐见秋彦（花田光 配音）延续着第一部，仍然继续着他们的恋爱故事。在秋彦的编辑相川小姐和丸川书店的老板的怂恿下，美咲答应参加秋彦的菊川赏得奖纪念酒会。在路途上，美咲意外邂逅了秋彦的哥哥春彦（鸟海浩辅 配音）。小兔老师和家人的关系都很恶劣，夹在中间的美咲左右为难。而难上加难的是，春彦展开了追求美咲的攻势，不是送花就是送草莓，让小兔老师的低气压降到最小值。小兔老师不仅提防着春彦，还得提防着美咲的同学角，但没想到角真正中意的是他自己。 美咲和小兔的恋爱道路上挫折不断。而另外两对，上条弘树（伊藤健太郎 配音）和草间野分（神奈延年 配音）；高槻忍（岸尾大辅 配音）和宮城庸（井上和彦 配音）的感情之路也波折连连。但结局好一切都好。
“瞒着妻子……会害怕吗？ ” 礼司和妻子、亲友夫妇一起访问了旅馆4天3夜。 明明是以和妻子生孩子为目的的，却被喝醉了的人妻（青梅竹马）从房间里带走了…… 而且本应是贞淑的妻子，在拉门的对面，对挚友……。 在本应该是夫妇一起睡觉的被子里，和别的对象依偎在一起的4人 沉溺于被禁止的“夫妇联欢旅行”——
內田一宏是名直升機飛行員的三等空尉，真正想做的事是成為可以以聲速在平流層飛行的戰士， 現實總是不如人意的，在飛行員的學習段階，他被分配到了救難飛行隊里。此小隊現駐扎在小松基地近郊 ，小隊里有嚴格的飛行員前輩和堅強的救難人員及做機械工的女準備員 ，小隊也成了多多少少有點不好習慣的隊員們的聚集之地。事實上，在救援隊隊長村上二佐的率領下此隊是日本最優秀的救援隊伍，在與原先希望不一樣的隊伍中工作的主人公面對航空事故、山岳遭難、地震等各種各樣任務的過程中發現了救援的意義。
