刀剑乱舞回-虚传燃烧的本能寺-

要成为我的家人吗？——还有，不想更加脸红心跳吗？ 被“母亲病危”这一消息所骗而被迫来到海外的高中生海棠晴，在那里突然被人介绍了一位被说是“这是你的弟弟！”的男孩子零。晴拼命地照顾着野生状态又不听别人的话的零，但零的出生似乎存在着某些秘密。之后，当零总算要和自己变得亲近的时候，晴遭遇了某起悲剧。 ——5年后，晴与在东京成长的零再会，但……？

　　藏原走（大冢刚央 配音）是一名性格非常内向的大学一年级男生，不善言辞的他总是习惯用跑步来抒发内心里的情感波动。一天深夜，正在跑步的阿走遇见了名叫清濑灰二（丰永利行 配音）的男子，这个散发着独特魅力的男人主动向阿走搭话，并且向阿走介绍了他所居住的名为竹青庄的公寓。                                    
                               　　就这样，阿走在半推半就之下成为了竹青庄的第10名住户。虽然日常打打闹闹但相互非常信赖的城太郎兄弟、被称之为神童，但阿走却觉得他有些古怪的杉山高志（内山昂辉 配音）、热衷于看电视猜谜节目的坂口洋平（北泽力 配音）、性格轻浮却异常讨厌烟味的高材生岩仓雪彦（兴津和幸 配音），和阿走共享着这幢破旧的公寓的，是这些性格稀奇古怪的人们。

　　「鳴海孝之」，是白陵柊学園面临考试的高3学生，但是他和很多同类作品的主角开始时一样，每天平平凡凡（难听一点是颓废）地生活。他的朋友有死档「平慎二」，还有是该校游泳部的主力队员「速瀬水月」。「鳴海孝之」和「速瀬水月」一直是好朋友的关系…… 　　有一天，「鳴海孝之」与一位短发少女邂逅了，她叫「涼宮遙」。原来她一直对「鳴海孝之」抱有好感，后来在「速瀬水月」的穿针引线下，她告白成功。 　　他们之间的恋情如夏季的气温急升，但同时，有一个人的内心也因「鳴海孝之」而颤动，她就是「速瀬水月」。 　　在暑假快结束的一天，当「鳴海孝之」赶去和「涼宮遙」的约会时，在路上遇到当天生日的「速瀬水月」，「鳴海孝之」还买了一只戒指给「速瀬水月」作为生日礼物，但就是这么一留，当「鳴海孝之」赶到约会地点时，他看到的是一个倒在血泊中的短发少女…… 　　3年后，「鳴海孝之」成为一个侍应，而「速瀬水月」放弃了游泳成为了一位OL，两人过着半同居生活。一天，「鳴海孝之」收到一个电话，告诉了一个消息：3年前因车祸而昏迷的「涼宮遙」醒了，但是她的记忆仍停留在3年前… 　　一个是曾经热恋过的女孩，一个是现在的同居女友，「鳴海孝之」面临了一个影响3个人命运的交叉点…..他会何去何从呢？　　

作品主要讲述了某天，一款掀起大热潮的VRMMORPG「YGGDRASIL」原本会停止一切服务，但即使过了结束时间，玩家也不会退出游戏，NPC也有了各自的思想。现实世界中喜爱电玩的主人公铃木悟（真名）在等待系统强制登出时，与“安兹·乌尔·恭”公会的成员意外穿越到了异世界，并且自己还变成了拥有骷髅外表的最强魔法师——“飞鼠”。就这样，真正的奇幻传说正式拉开帷幕。

传说中，圣杯是能够实现拥有者愿望的宝物。 为了让这圣杯出现必须要进行一项仪式 被圣杯所选的七位魔术师MASTER 将被赐与圣杯所选出的七位使魔SERVANT 剑士“SABER” 枪兵“LANCER” 弓兵“ARCHER” 骑兵“RIDER” 魔术师“CASTER” 暗杀者“ASSASSIN” 狂战士“BERSERKER” 魔术师必须与这七种类的使魔其中一位订下契约并证明自己是最适合圣杯的人 换言之，魔术师必须消去其它的魔术师来证明自己是最强的 这样一整个求取圣杯的仪式被称为 “圣杯战争……

本作是以解谜为题材的原创动画，Phi-Brain是指拥有黄金比大脑之人，而主人公Kaito作为Phi-Brain的候补者之一，为解开传说中的“神之谜题”而展开一场冒险。 热爱解谜的私立√（Root）学园高一学生大門Kaito，在偶然的机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”，那是由神秘的智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者之谜”。被真相激怒的Kaito漂亮地攻克了贤者之谜，意外地从中获得了“Solver(解答者)”的指名。于是Kaito与青梅竹马的少女Nonoha以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，以存在于世界各地的“贤者之谜”为舞台，与POG展开解谜对决。