15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
平凡的宅男高中生·矢野宗平，某日他的面前突然出现了一位开着坦克并自称为了守护鲁特中尉和哈鲁卡少尉的少女。极大程度欠缺一般常识的军人少女与被卷入这个事件的普通人宗平，描绘日常与军事要素的日常生活。
描述一位名叫小夜的少女与称为翼手的生物之间的战斗。 1966年，秋天。时值越战时期，在日本国内的美国空军横田基地内，不时可见F4幻影战斗机频繁起降，空气中充斥着一股杀戮的气氛；就在此时，基地附近的市区连续发生了离奇的命案。地下铁，银座线，正驶著通往浅草的最后一班列车，一名少女出现在空荡的车厢内，她拥有令大人感到刺眼的眼神，紧闭着双唇欲诉说她内心的真正意念，她的名字叫小夜(SAYA)；她是“组织”(名词)为了打倒潜伏于人类社会里的吸血鬼“翼手”，因而派遣至人类社会的救世主。穿着水手服的小夜，手持日本武士刀作为武器，潜入了基地内的美国学校...
故事将以赛马娘们与练马师梦寐以求，一生只能挑战一次的经典三冠比赛皋月赏、日本赛马、菊花赏为主题，描述成田路、爱慕织姬、好歌剧等被称作三强的赛马娘，将抱着绝不认输的思绪，朝着顶点进发。
