腼腆英雄第二季

　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

漫画《中之人基因组【实况中】》宣布了动画化企划进行中的消息，引起轰动的原因不明的连续少年少女失踪事件。
《中之人基因组》，在游戏实况者之间成为话题的神秘免费游戏。通称，失踪游戏。据称，在即将通关之际就消失的玩家源源不断。
失踪的游戏实况者们被人为地与外界隔离，集合到某座岛上。在那里，他们所接受的命令，是通过必须在现实中通关的各种游戏，来达成一亿的播放数。
8名人气实况者所带来的，以能否回归为赌注的真实游戏《中之人基因组》的实况开始了——

　　新岛圭介自十年前最爱的妻子贵惠去世后，完全没有生气，被周围的人看作是阴郁的男人。虽然他最希望自己的独生女麻衣幸福，但除了赚取生活费之外什么也没做，心里很难过，甚至连沟通都很困难。两人的时间，停止了十年。有一天，背着双肩包的陌生女孩拜访了这对父女。她说“我是十年前去世的你的妻子。” 妻子在这个世界上重生了。停止了的家庭时间，又重新开始了。

　　东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。
　　这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。