美妙旋律第三季故事是发生在第一季的七年以后、第二季的四年以后，美爱等人已经从pretty top毕业并且学有所成。本作将有别于前作，以平行世界的东京、原宿作为舞台，原本只以"流行"及"舞蹈"为比赛中心的内容，更增添了一项新的"音乐"要素，描述一群能感知音乐的颜色、热度和味道的主角们，站上星光舞台达成梦想的故事。 主角彩濑奈露是个只要听音乐就能感受到声音的颜色，想像力丰富的中学二年级女孩，擅长装饰各式小物擅长装饰各式小物，梦想是希望能够开一间如「Dear Crown」那样引领时尚潮流的店。一天，她得知了即将开设的新店铺，将募集会跳三棱镜舞蹈的女中学生作店长。奈露也参加了甄选，并在众多参加者中脱颖而出，一路来到了最终面试。
雷土吏子与后辈野间潜入犯罪组织的公寓。伪装成新婚夫妇的两人，被犯人怀疑没有夜晚必备声音。于是野间为了让犯人觉得是一对恩爱的夫妇，开始触摸吏子的身体——！？
人族领地遭到灰猿人族和猪人等亚人种入侵，战乱时代持续不断。 拉格村的少年·凯为了守护村庄，每天都在战斗中度过。在被称为“加护者”的强大力量持有者的严酷战斗中，伙伴们接连倒下，而自己却突然回忆起本不该经历的不可思议的记忆。那是比这个世界更先进的文明技术和人们生活的知识。然而，原本只是一个普通村民的凯，不久后将被卷入巨大的考验之中。在残酷的世界中，一位少年的战斗与成长的壮丽奇幻故事在此展开。
在北国长大，憧憬大都会的白狐女子“狐丸”。 以一张甄选会的通知为契机，离开了故乡，前往独立乐队聚集的圣地，下北泽。 通过音乐交流，和伙伴们相遇，了解了梦境和现实，希望与绝望？狐丸能否遇见奇迹？ 还是说… 这是梦和希望和音乐与奇迹的故事。
