恐怖大王的威胁消除了，本院寺有恢复了平凡的日常生活。 在这座寺庙，住着一位大学生森里萤一，与三位女神。一年前，萤一打电话错打到女神事务所，并与女神贝璐丹蒂开始了同居生活，之后贝璐丹蒂的两位妹妹也住进了寺庙。 这一天，救助女神事务所的数据出现了问题，萤一的契约可能会被取消！而唯一恢复契约的方式就是萤一再次说出一年前的愿望，可是萤一却忘了当时所说的话。 到底当时萤一许下了什么愿望，他与贝璐丹蒂的幸福生活还能否继续？为了明天的幸福，今天一定要想起当时许下的心愿。 根据藤岛康介同名漫画改编的TV版动画第2季。
年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。 几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
艾莉丝消失后过了几个月。鲁迪乌斯尽管内心感到空虚，还是为了寻找母亲塞妮丝，来到巴榭兰特公国的第二都市罗森堡。胸中抱着强烈孤独感的鲁迪乌斯原本打算单独行动,却受到路上认识的队伍半强迫式的邀约，和他们一起处理委托..... 「我不能自暴自弃，该去做那些必须做的事情」。历经千辛万苦后，对于和艾莉丝分离一事应该已经做出决断。然而，这件事却在意外的方面侵蚀鲁迪乌斯..….... ?
