15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
来生三姐妹经营着一家名叫“猫眼”的咖啡店。其实，三姐妹是海恩茨的女儿，这位伟大的画家与收藏家，在三姐妹小时神秘失踪了，而随着父亲的失踪，家中的藏品也都一夜蒸发。于是，三姐妹白天是活泼可爱的少女，夜里变身成黑夜中的盗贼——“猫眼三姐妹”。她们只偷那些曾经是父亲的藏品，希望借此寻找到失踪的父亲的蛛丝马迹。而二妹来生瞳更是特殊，因为她的男友正是要逮捕“猫眼三姐妹”的年轻警察。真相与爱，黑夜中游走的三姐妹在一次次犯罪中找寻这些问题的答案。
設定・時間軸共にTVシリーズの延長にある作品。47話での放送打ち切りに伴いはみ出したTVシリーズの最終章である、グリフォン編の完結編部分と、1話完結のオリジナル・エピソードから成る。その中で12話の「ふたりの軽井沢」はダイアログの収録を先に行って、あとから絵を付けるプレスコで製作された。 なお、エピソードの順番はメモリアルLD BOX以降は発売順と異なる編成になっている。
2024年，发生了MM制造公司"濑良野基因混合社"的社长绑架案。在收取赎金现场出现的凶犯，居然让自己脸部在所有监视纪录上留下了贴着笑面标志的影像后成功脱逃。案发后六年，"笑面男"的巧妙陷阱再度出现在网络社会中... 封印已久的笑面男苏醒了，特A级黑客与九课的巅峰对决即将拉开帷幕！
