现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。 那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。 Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体， 在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。 但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦” 化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统， 企图从网络一侧控制人类的世界。 主人公少年·新海春， 获得了被伟大的意志引导的“App驱动”， 并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。 隐藏在“App驱动”中的谜团， 处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”， 以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？ 爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合， 奔驰于现代世界的新感觉搭档物语， 现在启动！
那是，在被忘却的月球上开演的“EXTRA”之物语。 存在于月球的，拥有能实现任何愿望之力量的灵子计算机“Mooncell Automaton”。 构筑于Mooncell内部的灵子虚构世界“SE.RA.PH”。 赌上“圣杯”，由魔术师与英灵引发的新的月之圣杯战争，开演。
海崎新太（27岁）在作为新毕业生进入的公司工作了3个月就辞职了。之后他的就职活动也不顺利。双亲寄来的生活费也中断了，不得已只好回到乡下。能够倾听他烦恼的朋友和女友全都没有……穷途末路的海崎面前出现了一位神秘人物·夜明了。夜明向海崎提出，要他参加以尼特为对象的社会复归程序“ReLIFE”。其内容是，利用神秘的秘药，仅仅让外表回复年轻，并在一年内以高中生的身份去读高中——。
在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。 被扭曲的冬木圣杯战争，Saber（阿尔托利亚·潘德拉贡）黑化并杀掉Caster以外的所有从者顺道灭了整个冬木后在大空洞等待Caster的来临。这次战争的Caster为库·丘林，他个人表示如果职阶是Lancer就能秒杀黑Saber，因为主角，玛修和奥尔嘉玛丽的介入，成功停止了这场疯狂的圣杯战争，但Saber和Caster双双消失意味着这场战争没有人获得圣杯。关卡最后消灭了奥尔嘉玛丽灵魂的雷夫加上这次战争的Saber也认识Grand Order，到底是…？
樱花开始飞舞的春之日。 天真烂漫的小国公主·莉昂开始到北海道的学校上学。 那里是由ALCA所运营的，用于培育守护世界和平的定理者Logicalist的特别教育机关。 莉昂所进入的1年S班，有着以定理者妮娜为首的个性十足的同班同学们。 定理者雏鸟们所度过的，非常热闹而又可爱的每一天——
