聪明伶俐的小猫咪可心、学识渊博的小狗木黑、能够将画面里的物体变为现实的神奇小鸡典典、渴望成为明星的淘气小青蛙聪聪、老实憨厚纯朴善良的小兔子唐义和天真浪漫，拥有公主梦的小鸭子莎莎，这六只可爱的小动物和小主人一起住在奶奶家，一大家子人过着相依为命热热闹闹的生活。 虽然小动物们非常的喜欢它们的小主人，但它们同样也异常的渴望看一看森林外面丰富多彩的世界。一次偶然中，小动物们得到了一个宝贵的机会得以走出森林，追寻马可波罗当年的足迹，进行环游世界的旅行，一路上，等待着它们的是数不清的艰难险阻，但同样的，它们收获的，是无法用价格来衡量的宝贵品质。
This season began merely two whole weeks after the first season had ended, on April 19, 2008, with the airing of "The Elite Guard", and ended on July 5, 2008, with the two-parter, "A Bridge Too Close". The season revolved mainly around the Autobots in the aftermath of Megatron's return, trying to restore the city and their image. Meanwhile, Megatron, Lugnut, and Blitzwing have captured Prof. Sumdac in order to build a Space Bridge, hoping to use it to conquer a weakened Cybertron from within. A sub-plot also focuses on Sari as she searches for her father, while learning that there is no record of her existence of any means. Also, Blackarachnia (originally Elita One) has been reduced to a minor recurring character, only appearing in one episode of the entire season ("Black Friday").
幽冥女王之兄阿達武士（Rito）加入侵略地球的隊伍，並壓倒性的擊敗金剛戰士，摧毀了大連王與戰鬥白虎，指揮中心亦在戰鬥中損毀，金剛戰士就此失去超異能。宙威利用中心所餘的能量，將失去超異能的戰士們送去忍者神廟，要他們去見可製造超異能硬幣的忍者戰士（Ninjor）。儘管途中有阿達武士派遣的食人鳥追擊，但戰士們依舊成功抵達神廟獲得新的超異能，並多了忍者裝扮的變身型態，以及忍者機械獸（Ninja Zords）。後來巴布猴、怪頭陀與魚匠人等尋獲失落已久的無敵戰將（Shogun Zords），玄冥大帝等人遂奪走小晴的超異能硬幣與大明的戰鬥鷹，企圖要脅金剛戰士替自己駕駛無敵戰將征服地球。大明只得潛入暗月宮內，於千鈞一髮之際奪回硬幣與戰鬥鷹，而比利亦在操縱無敵戰將時將控制權奪來，令玄冥大帝的企圖失敗，也讓金剛戰士多了五架新的生力軍。 小晴為了追求理想，決定離開參加體操大賽訓練，原先遭幽冥女王下咒以企圖謀害金剛戰士的凱特（Katherine），在破除魔咒後取代她成為新的粉紅戰士。但過沒多久，幽冥女王的父親終極魔王發動魔法將時間倒轉，令金剛戰士全回到童年時期，因此失去了超異能。為了抵禦侵略，宙威自水柔星請來了外星戰士，第三季就此進入特別篇。至於變回兒童的各戰士，除了比利透過機器很快恢復之外，其餘人則到各地尋找奇奧水晶的碎片，希望將之收集後發動魔力令地球恢復原狀。而伊莎到非洲尋找水晶時，意外與遠親相逢，從此留在當地，由表姊唐娜帶著水晶回到美國。但當水晶湊齊讓地球復原後，天狼將軍（Goldar）與阿達卻闖入指揮中心竊走水晶並炸毀該處，金剛戰士的歷史劃下句點，《異星戰士》開始。
星期六 更1
Adult Swim宣布接手，订下10集新集。该剧由蒂凡尼·哈迪斯、黄阿丽、史蒂文·元等配音，讲述两只鸟是好朋友，住在同一栋公寓里，有各自的生活，也有最好的姐妹情谊。
