“中之人基因组”。 在游戏实况者之间成为话题的神秘免费游戏。通称，失踪游戏。据称，在即将通关之际就消失的玩家源源不断。 失踪的游戏实况者们，被人为地与外界隔离，集合到某座岛上。在那里，他们所接受的命令，是通过必须在现实中通关的各种游戏，来达成一亿的播放数。 8名人气实况者所带来的，以能否回归为赌注的真实游戏“中之人基因组”的实况开始了——
怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？ 此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！ 同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……
恐怖大王的威胁消除了，本院寺有恢复了平凡的日常生活。 在这座寺庙，住着一位大学生森里萤一，与三位女神。一年前，萤一打电话错打到女神事务所，并与女神贝璐丹蒂开始了同居生活，之后贝璐丹蒂的两位妹妹也住进了寺庙。 这一天，救助女神事务所的数据出现了问题，萤一的契约可能会被取消！而唯一恢复契约的方式就是萤一再次说出一年前的愿望，可是萤一却忘了当时所说的话。 到底当时萤一许下了什么愿望，他与贝璐丹蒂的幸福生活还能否继续？为了明天的幸福，今天一定要想起当时许下的心愿。 根据藤岛康介同名漫画改编的TV版动画第2季。
＂超新星＂是为了对抗宇宙生命实验集团＂灭司＂，而由五位闪光星人抚养长大的地球人所组成。而这5人也是生命实验的幸存者。＂超新星＂的是首次出现第2机械人的战队。
