主角秦尘本是武域中最顶尖的天才强者，却遭歹人暗算，陨落大陆禁地死亡峡谷。必死无疑的秦尘，却意外触发神秘古剑的力量……三百年后，天武大陆偏僻之地，一位同名少年意外继承了秦尘的意志。作为大齐国军神定武王的爱孙，却因生父来历成迷，母子二人在定武王府中受尽冷遇，相依为命。为了重写望日的强者神话，也为了守护自己所爱的一切，秦尘毅然决然扛起维护天下五国的大任，再度踏上武道之路。
被镇压千年的上古魔尊东方青苍重临三界，一经复生便掀起仙魔大战，却因灵力未复被战神九渊重伤。为脱身，魔尊与司命座下小仙小兰花互换灵魂，却不想难以控制魔力的小兰花，竟失手拍死自己的仙身，两人陷入共用一个身体的窘境。无奈之下，两人踏上寻找新肉身的旅途。一路上，两人历经种种，打打闹闹中小兰花对东方青苍暗生情愫，却不知此时的东方青苍只将她当做复活上古战神赤地的工具，而平静之下一场更大的阴谋正悄然进行……
兔子经过艰苦奋斗，终于排除万难建立了新的种花家。然而兔子饱受鹰酱、大熊的孤立，不得已和单纯的河马们交了朋友。在兔子的经济、军事援助下，以坦黑叔为代表的河马实现了军事上的长足发展，兔子也终于在第三世界立稳脚跟。与此同时，兔子和毛熊的关系不断恶化，双方在珍宝岛爆发了武装冲突。没有永远的朋友，只有永远的利益。曾经视为寇雠的兔子与鹰酱相互试探，最终建交。为了遏制毛熊的势力，鹰酱协助种花家重返联合国，并给予了极大了武器输出支持。 种花家在兔子的带领下，一步步走向富强……
斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
漠北当下表面平静，实则暗中涌动。王后述里朵正筹划一场大会，不良帅为探查漠北动向带着一众不良人出现在漠北，以降臣为首的四大尸祖在此期间也来到漠北开了家古董羹店，而神秘的杀人凶手更弄得人心惶惶，几方势力各怀心思....
