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　　近日里，大雄（大原惠 配音）迷上了一部名为《银河防卫队》的电视剧，剧中英雄们对抗邪恶势力的英勇形象在大雄的脑海里留下了深深的印记，希望自己有朝一日也能够如同这些英雄般惩恶扬善。
　　某日，大雄来到小夫（关智一 配音）家，发现他竟然弄来了剧中英雄的戏服，还找来了摄影机，打算同胖虎（木村昂 配音）、静香（嘉数由美 配音）一起拍摄属于他们自己的英雄电视剧，然而，让他们没有想到的是，他们玩得不亦乐乎的景象，竟然被一只名为艾伦（井上麻里奈 配音）的外星人尽收眼底，艾伦的所居住的星球遭到了宇宙海盗的侵略，来到地球搬救兵的他，将拯救母星的期望，托付在了眼前这些仿佛能够呼风唤雨的“英雄”们身上。

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。

一直都过得很平凡，不管是运动还是读书都差强人意，绝对无法成为第一名的普通人——斋藤，被召唤到了异世界。即使在异世界，斋藤也绝非是特别的，一点都不强。但在与超有个性的伙伴一起挑战攻略迷宫的过程中，告诉严重健忘的魔法师咒语、用身体当盾来保护小妖精、将针对敌人的合适武器拿给战士，他逐渐成为了队伍当中不可或缺的存在。

在第一年的高中联赛，小野田坂道成功地引领总北高校获得综合冠军。他和今泉还有鸣子一同升到二年级，和队长手岛带领的新团队一起准备拿下二连胜！之后夏天的高中联赛终于到来，王者箱根学园誓要雪耻，以新队长泉田为核心不断取得佳绩，一路高奏凯歌。面对重振王者之风的箱根学园，总北再次成为挑战者，陷入了苦战。就这样，比赛的最后一天终于到来了。拿下第二天的京都伏见学园的御堂筋又拿出了新的策略……各个队伍的斗志熊熊燃烧，坂道是否能坚信自己和队友们的纽带，拿下光荣的终点呢？

　　故事发生在一个存在着魔力的世界之中，在这里，魔力只出现在年幼的少女们身上，随着年岁渐长，这种魔力会慢慢减弱直至消失不见。随着时代的发展和科技的进步，少女们身上这种神秘的力量获得了越来越多的重视和使用，而这些天真而又单纯的少女们，开始活跃在各行各业的前沿位置。某日，一种充满了攻击性的异形生物忽然出现，人们称之为“内伍罗伊”，当内伍罗伊的侵略有着越来越强劲之势头时，魔女们挺身而出。                                    
                               　　开朗乐观的宫藤芳佳（福圆美里 配音）、实力强大雷厉风行的坂本美绪（千叶纱子 配音）、大大咧咧丢三落四的莉涅特（名冢佳织 配音）、自信满满高傲可爱的佩瑞妮（泽城美雪 配音），为了保护赖以生存的家园，她们随时做好了付出生命的准备。