《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
故事发生在风和日丽的神仙村里，奇奇（刘艺 配音）和美美（郝琳杰 配音）是住在村里的两个小神仙。奇奇个性活泼开朗，对一切都充满了好奇心，奇奇最害怕的就是无聊，因此，他总是想方设法的找各种各样稀奇古怪的事情来打发时间，这期间自然惹出了不少的麻烦，也闹了不少的笑话。 美美喜欢幻想，为了体验不同的生活，她一会儿变身成为歌星，一会儿又当上了模特，兴趣爱好更是千奇百怪，常变常新。村长老神仙十分喜爱奇奇和美美这两个聪明伶俐的小神仙，他告诉两人，唯有一心一意，同心协力，才有可能办成大事。神仙村充满了幸福和快乐的日常还在继续。
商业精英——尹宁穿越到架空历史的武朝，成为了身份低贱的赘婿——姓宁名毅字立恒。因伊宁自幼怀揣武侠梦，索性二次人世隐藏本就驾轻就熟的经商能力，励志成为一代大侠。哪知世道并非他想的如此简单，成为宁毅之后不仅卷入了朝廷要案，他所入赘的苏家也面临劲敌的威胁…...
丹尼斯的双亲是未受到社会支持的疯狂科学家。他们将自己的孩子监禁在孤岛的研究所，进行秘密实验，将除丹尼斯以外的一个哥哥和三个姐姐改造成了特异的人类。 某天，双亲遭到警察逮捕，由此五兄弟姐妹被福祉单位移送岛了别的岛上。 问题是，除主人公以外的四名兄姐， 没有一人拥有现代人的常识……
女娲大神为了造福苍生而创造的神兵兽，在新一辑故事中再次面临挑战！黑暗势力元始天魔千方百计将神兵小将和神兽引领到神秘岛国——「山外山」；天魔希望利用神兵小将的纯洁和正义，获得「山外山」五大守护圣兽的信任，将其圣洁的力量交予问天和天晶兽；然后再指使大坏蛋——无敌盟主看准时机，从他们身上夺取圣兽的力量以解除封印，美丽的宇宙随即陷入被毁灭的恐慌之中。 在「山外山」旅程后，「神兽之乡」的旅程又拉开帷幕。问天等人来到神兽学校修炼，居然卷入了一场布偶战争之中——布偶王子想让所有神兽变成木偶！可是经过详细的调查，发现外表邪恶来自于布偶乐园的布偶王子，竟是宽容与纯真的兄弟！幕后主使的坏蛋三兄弟和盖世太保（把宽容等人的三兄弟分散的邪恶神兽）在布偶王子背叛他们后趁机绑架布偶王子！他们一行人又怎么克服此次困难呢？
四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
故事发生在一个名为魔仙堡的魔法世界之中，在这里，魔仙们运用她们所学习到的魔法知识来帮助遇到困难的人们。然而，在这里还是存在着一部分邪恶的魔仙们，她们利用黑魔法来获取利益，破坏世界和平。黑魔仙小月从魔仙小蓝那里偷得了魔仙彩石，这是魔仙们力量的源泉，拥有了魔仙彩石，便可以学习仙界的最高魔法。 带着魔仙彩石，小月躲藏于人类世界之中，为了不让魔仙彩石的力量危害人间，小蓝紧随其后。人类少女凌美琪和凌美雪意外的发现了躲藏在八音盒中的小蓝，三人之间结下了深厚的友谊。小蓝教会了美琪和美雪魔法，两人亦加入了寻找魔仙彩石的队伍中。
