1999年に放映され、ダイナミックな３DCGアクションで話題を集めた「ゾイド」の第２期シリーズ。今作は格闘技をテーマにして内容を一新、“ゾイドバトル”の頂点を目指す少年の熱い闘いを描く。前作のはるか未来、惑星Ziでは巨大機械生命体ゾイドを操る戦闘競技ゾイドバトルが流行していた。少年ビットもその参加者だ。彼の夢は、いつかゾイドバトルの頂点に立つこと。強力なライバルたちと激しい闘いを繰り広げるビットだったが、やがて悪の組織の陰謀が明らかに…。
鸣宫凑（上村祐翔 配音）从初中起就是参加了学校的弓道部，并且和队员们为了挑战县大赛而做着反复的练习。然而，一场意外的发生让凑在比赛中失误，与头筹擦肩而过，大受打击的凑从此放弃了弓道，怀揣着内疚和自责的情感升上了风舞高中。 和凑一起进入风舞高中的还有他青梅竹马的好友竹早静弥（市川苍 配音）和山之内辽平（铃木崚汰 配音），两人邀请凑加入学校的弓道部，但凑拒绝了。一天放学后，凑在误打误撞之中闯入了夜多之森弓道馆，并且见到了优秀的射箭运动员泷川雅贵（浅沼晋太郎 配音），直到这时，凑终于无法再逃避心灵对靶所产生的渴望。
遥远的未来—— 人类分裂成了以有人兵器Strain为主战力（联合）和以无人兵器Tomorrow为主战力（帝国）的两大阵营，从而开始了永无止息的战斗。 现年16岁的セーラ·ウィーレック是联合阵营的名门独生女，就读于クラニアル星域的寄宿制リーズナー养成机关クラベラ空间机甲兵科学院，并且一心想成为リーズナー（Strain驾驶员）。成绩优秀的她的心中有个秘密，就是期望与最爱的哥哥再相会…… セーラ的哥哥ラルフ·ウィーレック在赛拉11岁的时候接到了特殊命令到远在130光年之外的最前线出击。虽然途中乘坐的是联合最为先进的亚光速战舰，客观时间也要经过400年。但主观时间（搭乘员的感觉到的时间）由于受到“ウラシマ效应”的影响实际上只是经过了2年。因此，セーラ想要见到哥哥，就必须也前去同样的战场。 兄妹两自小就失去了双亲，因此セーラ对哥哥有着超越普通亲人的感情，兄妹再会被她视为自己活着的意义。 セーラ能够与哥哥再相见吗？
原本期望能成为魔法少女的女主柊舞缇娜，某天突然遇到像吉祥物的生物，获得能变成邪恶组织女干部的能力，并与原本憧憬的魔法少女们对抗。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
一万年前,52张卡封印著不死的生命体,直到20世纪,这些封印被破解,使这些不死生命再次苏醒.为了阻止它们在人类的世界进行杀戮,并把他们再次封印於卡内,被称之为BOARD人类基盘史研究所的鸟丸开发变身腰带.而橘朔也和剑崎真一被委托成为假面骑士Garren和假面骑士Blade而展开他们的英雄之战.故事中的初期橘虽然有协助对抗不死生命体,但他亦对剑等人采取对抗态度,但到了故事的中段便恢复正常．故事中还有第三位由相川始变身的假面骑士，命名为卡利斯,他的正体是Undead－Joker，这亦正亦邪的角色令故事更增添丰富，最後出现的假面骑士是由睦月变身的假面骑士Leangle，一开始被梅花Ａ控制，後得剑和橘等人的帮助，最後亦恢复意志，成为正义的战士．
在那不久的未来，东京湾内突然坠落了一艘宇宙飞船，发现飞船中乘坐着150名外星人。1年之后，日本政府为那些无法返回故乡星球的宇宙人们颁发市民权。并以“亲爱的朋友们”为名，将他们称呼为“DearS”。 DearS们为了学习日本的语言和日本的风俗，采取了“借宿”制度（住在他人家里）。就这样DearS们伴随着他们的美貌一起渐渐被世人所接受…… 就在这个时候，因一起事故的关系，DearS本部运算的一位少女从货物卡车上掉了出来，随后又被一个普通高中生 几原武哉 给发现……之后被带回了 武哉 的家， 武哉 给这位少女启名为“怜”。惊人的是 怜 1个晚上就学会了日文，最出乎意料的是她一见到 武哉 就叫他“主人”。就这样，两个人开始了异星间交际，而 怜 平时都笨笨的关系，随着周围的人越来越多，总是引起一次又一次的骚乱，并给 武哉 添麻烦……
和命中注定的女孩子×5生活在同一个屋檐下！ 东大应届入学的秀才粕壁隼，收到祖母的讣告后回到了阔别三年的老家——海边的一间老旧咖啡厅“Familia”。但他一推开门，就看到了5个不认识的女孩！而且她们还自称是“奶奶的家人”… 本来打算把店拆了改成停车场赚钱的隼，在和女孩们相处过程中回想起与奶奶的过往，决定休学一年与五个女神一起共同生活，重新经营咖啡厅。 女主角太多的海边爱情喜剧，开幕！
时代的流淌逐渐泛起波澜。 乱世中，为野心而养精促锐者、企一展雄图者、为该守护之物而战斗者…… 这样，拥有不同梦想的人被命运的蚕丝牵结。 缔结成姊妹的关羽和张飞。 究竟，有何物在其前行之路上等待着呢？ “吾名为关羽。与吾一起平定此乱世吧！”
性格与爱好截然相反的高中生小桃（若山诗音 配音）和厄卡伦（花江夏树 配音）因为一个赌局获得了各自的超能力，成为了一同对抗怪物和外星人的朋友。小桃的青梅竹马寺仁（石川界人 配音）因为家中发生的一系列怪异现象前来求助，三人一同来到他家所在温泉街，试图解开寺仁家中的谜团，然而在他们踏入小镇的那一刻，就被一股神秘的势力给盯上了。在经历重重危机之后，小桃和厄卡伦帮助寺仁共同揭开了家中的秘密。
