小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
在本作舞台的2030年代世界中，被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理，所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。 此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致，但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年代派生出来的平行世界，而并不单纯是月姬和Fate等作品的未来。 在这个世界中大源的魔力(Mana)已经枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界观中的“魔术(Magi)”和“魔术师(Magus)”几乎都衰落了，魔术协会也只余下本来就不太依赖魔力的“阿特拉斯院”。
高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。 个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？
年方15岁的高中生秋月孝雄（入野自由 配音），专心学业的过程中不得不为了生计打工赚钱。母亲离家出走，他与哥哥过着看不到前方的生活。入梅之日，孝雄逃课来到日本庭园。在一座安静的小亭子里，27岁的职场女性雪野百香里（花泽香菜 配音）边吃巧克力边饮啤酒的样子引起了孝雄的注意。似曾相识的二人，仿佛约定好了一般，每到落雨之日便从世俗的烦恼中逃脱出来，相会于这座钢筋铁骨都市丛林中宛若世外桃源的幽静角落。在梅雨季节的日子里，他们的心渐渐向彼此靠拢。志愿成为手工鞋匠的秋月，决心以雪野为模特做一双鞋。 雨过天晴，艳阳高照，庭园中久久不见秋月和雪野的身影，相会无期亦有期……
某一天，宇宙人西里里来到小新家中，并使用特使光线把变爸爸野原广志 和妈妈野原美伢回了小孩子模样，如果想恢复现状，必须帮助西里里找回自己的父亲，就这样大家踏上了寻找之旅……
在赌上学校存续的大学选拔队战役中胜利後，大洗女子学园战车道成员终於能好好享受和平悠闲的冬季。迎接三年级生毕业典礼的到来，包含学生会改选与新执行部门的动作，学校开始发生些微的变化。有一天，一场骚动来访少女们。为了下一波难题与困难，战车道成员们再次挺身而出迎接挑战。
总是被欺负的幕之内一步在机缘巧合下遇到职业拳击手鹰村，并从此开始了拳击生涯。初入鸭川会的一步在鸭川会长严厉的训练下，终于登上了日本冠军。在卫冕第一战中击败天才拳击手真田之后，下一个对手是曾经在鸭川会一同挥洒汗水的师弟・山田直道。面对不顾情面，大言不惭的宣称要夺取冠军宝座的直道，一步的内心动摇了……
