随着宇宙刑事卡邦的活跃，宇宙犯罪组织马克党被彻底摧毁，宇宙得到了暂时的和平。但是，虽然马克覆灭了，宇宙仍然存在着各类以称霸全宇宙为目的地犯罪组织。其中一个就是以幻梦界为据点的犯罪组织马多党。过去被卡邦所救的伊贺电，接受了巴德星的特训，并顺利成为地球下一任宇宙刑事夏利邦。 面对着新的宇宙犯罪组织，年轻的宇宙刑事夏利邦在不断的战斗中得到了磨练而成长，并渐渐查清楚了自己的真正身世……
幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。 在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。 来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代的背景之下，两个人的渺小幸福一触即碎……
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
“不会捡到‘这样的东西’……。” 虽然变身成魔法少女，却对于变身后的装束泳装无论如何都没法习惯的柚华。 究竟柚华接受魔法少女的那一天会不会到来呢！？
