一晃眼，上一次的“黄昏事件”已经过去四年了，风平浪静许久的The World中再度发生了似曾相识的神秘事件。秀悟（皆川纯子 配音）想都没想就进入了游戏之中，而玲奈（中原麻衣 配音）亦尾随其后，一同和他们进入游戏的，还有米蕾尤（松冈由贵 配音）。 不了解这个世界的规则的秀悟很快就吃了瘪，在他和玲奈的面前，竟然出现了罕见的强大怪物铠战将军，而秀悟更是因此game over，就在秀悟弥留之际，一个神秘少女出现在了他的眼前，用一个吻使得秀悟死而复生，复生后的秀悟成为了黄金腕轮的继承者。随着时间的推移，众人发现游戏中的世界似乎遭到了某种侵蚀和破坏，黑暗里，一个阴谋正在缓慢酝酿之中。
2050年。由于在父亲创立的制造公司·Rebuild社对“自律机械DZ”的开发做出了贡献， 因而年纪轻轻就赢得了名声的技术人员德里达·伊万（主人公）。 有一次，德里达与同僚内桑注意到了“DZ”的重大缺陷， 但上司却完全不听从忠告，对此感到恼火的他在知道危险的情况下仍然拖延应对， 并前去参加内桑的爱女·玛吉的生日派对。 但，在度过了一时平稳之后的第二天，德里达和内桑遭到神秘部队的袭击。 在出逃的最后，落入冷冻睡眠装置的德里达再次睁开眼时， 时间已经过了10年，放眼望去的世界早已荒废，陷入了战争状态！ 就在遭到失控的“DZ”群的袭击，即将放弃一切的时候， 德里达回想起了内桑临终的话语。 “玛吉就拜托你了” 即使对降临到自己身上的命运感到困惑，但为了寻找玛吉，德里达仍然向前迈进。 重逢，超越了“时间”—— 这是，思念踏上旅途的故事。
人気カードゲーム“デュエル・マスターズ”を題材とした松本しげのぶの同名マンガを原作とするテレビアニメ。監督はこれまでアニメ「デュエル・マスターズ」シリーズを手がけてきた鈴木輪流郎、シリーズ構成はテレビドラマ「MUSICAL 3」「FACE-MAKER」の脚本を担当した田辺茂範、キャラクターデザインは前作「デュエル・マスターズ クロスショック」に引き続き平岡正幸。 デュエル・マスターズ伝説のデュエリストである切札勝舞の弟、切札勝太。勝太がガリ勉のベンちゃんに呼び出され公園に行くと、そこでは何とデュエマの大会が開催されていた。デュエマ嫌いの勝太は逃げだそうとするが、ベンちゃんたちのライバルであるドラゴン龍にバカにされ、怒りのあまりデュエマ勝負を挑むことになり…。
时值1980年代，江之岛的小学四年级的女生铃音凛（鈴音リン）父母双亡，她独自经营着食堂生活下去。
在三槌家的掌门人高上美夜子（堀江由衣 配音）过世以后，家族后继无人。由于长久以来，三槌家都侍奉着家族的守护神——狐仙大人，所以，当族中长老预测到各路妖怪将被美夜子的两个儿子高上升（水岛大宙 配音）和高上透（嶋村侑 配音）的法力吸引而来时，毫不犹豫的解除了曾经因为捣乱而被惩罚的狐仙的封印，天狐空幻（野上尤加奈 配音）保护三槌家的任务就此开始。 自从空和升相遇以来，怪事就没有停止过。空活泼调皮的性格没少给升惹麻烦，但在紧要的危急时刻，也是空将升从水生火热中解救出来。一来二去，两人之间产生了难得的信任和感情。此外，和三槌家本毫无瓜葛的守护女红（早见沙织 配音）也加入到了守护高上两兄弟的队伍中来，不断的吸引着妖怪的兄弟两会面临着怎样的命运呢？
家里由于一场火灾，再加上不负责任的爸爸，使得年仅12岁的南云孝士在一夜之间就变得无家可归、身无分文且无依无靠。饿倒在路边的他，由于一场因缘际会而当上宿舍管理员，然而这间宿舍的房客竟都是女子大学的学生！而且这间宿舍的房客，全都是些异于常人，而且别有隐情的大姐姐！少年宿舍管 理员有点色色的奋斗记，就此开幕。
叶修成立兴欣公会，在第十区的公会斗争中大获全胜，创纪录地50级杀入神之领域，银武千机伞吸引了众职业选手们注意。嘉世视叶修为眼中钉，进入网游挑衅，却被叶修狠狠挫败。 叶修开始为成立战队做准备——拾荒混战中，结识拾荒高手毁人不倦；遭到各大俱乐部通缉，却与蓝雨前队长魏琛重逢；卧底霸图公会，发掘出牧师小手冰凉的才能。就在叶修率领新成员们，为参加挑战赛而努力训练的同时，嘉世的赛绩竟一落千丈，濒临出局！ 一旦嘉世出局，便会成为兴欣踏入职业圈的最大劲敌！叶修与嘉世老板陶轩，两位旧友的矛盾一触即发！
在一次意外中，乔纳森（兴津和幸 配音）的父亲乔斯达爵士（菅原正志 配音）被陌生少年迪奥布兰度（子安武人 配音）所救，善良的爵士收留了自称无依无靠的迪奥，后者则以养子的身份正式进入了乔斯达家族的大门。在他人的眼中，迪奥是一个优秀正直的少年，可是，只有经历过迪奥残酷欺辱的乔 纳森才知道，在迪奥光鲜的面具后面，隐藏着一颗邪恶的心。 果不其然，随着年龄的增长，迪奥开始觊觎起了乔斯达家族的庞大家产。无意间，迪奥发现了能够使人变得强大的石鬼面具，为了获得更多的财富和权力，迪奥毫不犹豫的带上了面具。在成为了恐怖的吸血鬼后，迪奥开始了对乔斯达家族的疯狂报复。为了替父亲和整个家族报仇，乔纳森开始修炼唯一能够打败吸血鬼的波纹气功，面对着强大的敌人及其党羽，乔纳森能够获得最终的胜利吗？
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
