故事发生在一个名为魔仙堡的魔法世界之中，黑魔仙小月（周娇 饰）偷偷修炼黑魔法，还想要盗走魔仙彩石。守护魔仙小蓝（廖景萱 饰）为了追寻魔仙彩石的下落来到了人间，藏身于音乐盒中，偶遇了善良的姐妹凌美淇（孙圳 饰）和凌美雪（黄安仪 饰）。 小蓝住进了姐妹俩的家中，化身成为他们 的保姆，三人共同度过了一段充满了幸福和快乐的生活，彼此之间结下了深厚的友谊。魔仙女王（王慧 饰）特别准许小蓝教授两姐妹魔法，美淇和美雪成为了小魔仙，与此同时，小月亦在人间结识了名为严莉莉（刘美含 饰）的女孩，将她变成了小黑魔仙。在人间，一场正义和邪恶之间的战争即将拉开序幕。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
喜羊羊与灰太狼意外被带到了未来世界，为了回到自己的时空，二人与未来的小羊们收集分散的象星石碎片。但过程中，一神秘反派也派遣厉害的手下来抢夺碎片，于是双方势力开展了精彩纷呈的碎片争夺战。
