晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
“所有人都变成了琉璃一般的东西，然后他们都消失了……“ 长安惊现幻境危机，各方势力潜滋暗长，马蹄疾乱、剑锋争鸣，王者英雄少年李白能找到真正的幕后真凶吗？
九重天危机后，世界又恢复了一派安宁景象。当今社会，手机、电脑等电子设备成为了人们的生活必需品，网络信号覆盖全球。有很多人沉迷其中，忽略现实生活，导致生理、心理疾病，甚至道德败坏。这成为了现代社会的顽疾，也让地球成为了黑暗势力的新目标。病毒机械兽来袭地球，散播黑晶，黑晶像蒲公英一样飘入人们的电子设备屏幕里，吸收能量后吞噬屏幕面前的人，使普通人变成黑士兵，而一些沉迷网络，或有网络恶习的人变成机械兽。
故事发生在一个名为魔仙堡的魔法世界之中，在这里，魔仙们运用她们所学习到的魔法知识来帮助遇到困难的人们。然而，在这里还是存在着一部分邪恶的魔仙们，她们利用黑魔法来获取利益，破坏世界和平。黑魔仙小月从魔仙小蓝那里偷得了魔仙彩石，这是魔仙们力量的源泉，拥有了魔仙彩石，便可以学习仙界的最高魔法。 带着魔仙彩石，小月躲藏于人类世界之中，为了不让魔仙彩石的力量危害人间，小蓝紧随其后。人类少女凌美琪和凌美雪意外的发现了躲藏在八音盒中的小蓝，三人之间结下了深厚的友谊。小蓝教会了美琪和美雪魔法，两人亦加入了寻找魔仙彩石的队伍中。
