"每个时代都有独特的“熊孩子”，我们的故事主角正是中国土生土长的新时代“熊孩子”们。后发先至的移动互联网技术让中国各种“型号”的“熊孩子”有了“和谐共处”与畅快互怼的时间与空间。我们的世界正在变得越来越多元与包容：年龄变得复杂，性别变得复杂，选择变得复杂......最影响熊孩子们幸福指数的三种典型情境：情商、财商、法商场景中，我们试图更有时代精神和思辨深度地抛砖引玉。经过N次“大规模试验”，我们发现原汁原味地还原生活场景中熊孩子们让人尴尬癌发作的灵魂拷问，最能激发我们的深（疯）刻（狂）反（发）思（笑）的欲望。
黑教廷欲计划利用明珠主校区考核夺取莫凡身上的地圣泉。宇昂放出暗影妖兽的假消息设计莫凡，不料许昭霆却先落入埋伏。莫凡救下张璐璐，许昭霆却被与宇昂变成了黑畜妖，被迫向张璐璐动手。人性未泯的许昭霆提供了黑教廷蓝衣执事的线索。莫凡悲痛不已，决定先发制人。 莫凡将一滴地圣泉放在暗影妖兽体内，借此引蛇出洞，果不其然发现内鬼傅天明。众人不明真相，反而围攻莫凡。莫凡不慎掉入宇昂的陷阱，面对诅咒畜妖的攻击，却接到唐月命令要拖住宇昂的行动。原来蓝衣执事正在冒险逗留等待宇昂。再争取一些时间，审判员夜鹰就可实施抓捕。 拉锯战后，魔法阵消失，宇昂下令围绞莫凡。莫凡忍无可忍，释放玫炎气焰取得了胜利。宇昂见势逃离现场，身受重伤的莫凡却遭到了众人的污蔑。好在夜鹰及时出现真相大白。考核风波结束后，莫凡、赵满延等人被定为交换生，将去往帝都学府。两校展开切磋，莫凡展示出超强实力战胜穆宁雪，为明珠学府赢得胜利。依照约定，莫凡得到凝魔神器。 荒城历练开始，众人误入了洞穴魔奴的巢穴，展开激战，成功逃脱。抵达荒城，又因误入藤蔓捕食陷阱，牵扯出对莫凡的积怨。莫凡离队独行，在泥鳅坠的指引下，收获了更多精魄。大部队遭遇了绿皮大蜥，莫凡加入帮助大部队摆脱了绿皮大蜥的纠缠。众人休憩时遭到了水蜘蛛的叮咬，队伍乱成一团。莫凡和穆宁雪合力对抗蛊惑魔蛛，经过一场恶战终于消灭了魔蛛。 众人伤亡惨重，折返路上遇到陆年，结果陆年却下了杀令，双方大打出手。莫凡一路诱敌深入，利用蜥颅巨妖威胁追敌。蜥颅巨妖的攻击猛烈，莫凡命悬一线。在疾星狼的守护下，莫凡冲破枷锁升华了星子，使出烈拳九宫脱身。陆年俘虏了众人胁迫莫凡，斩空及时赶到与陆年开战。 形式所逼，莫凡接受血利子,成功觉醒恶魔系。友情大义当前，他控制住恶魔系，救下众人。莫凡战退妖兽，现身惩治陆年。恶战结束，莫凡急需从恶魔异变之中恢复，但就连斩空也无能为力。恶魔莫凡擅自离开，生死未卜。
击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平。
《熊出没之探险日记2》则延续了上一季的剧情，除了保留大家最爱的女性角色赵琳外，还加入了人类大反派“天才威”等新角色，使剧集更具矛盾冲突。
