神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
故事发生在唐朝末年，时局动荡，无论朝中还是民间都人心惶惶。隶属于官府的神秘组织“不良人”全体失去了踪迹，同样下落不明的，还是价值连城的国库宝藏。传说中，一切的秘密都隐藏在龙泉剑上，得到了龙泉剑的人，便拥有了掌控天下的能力。 李星云自幼失去了父母沦为孤儿，被善良的隐士阳叔子收养，跟随着他练武学艺，一晃眼多年过去，李星云成长为了意气风发的少年，他和同门师妹陆林轩一起下山精进武艺，就此结识了姬如雪和张子凡。机缘巧合之下，李星云竟然得到了龙泉剑，这个消息不胫而走，引起了各大门派的警觉。他们派出杀手追踪李星云一行人，企图抢夺龙泉剑。
在高科技的未来世界,人类在来自奥茨玛星球科学家啦啦的帮助下，制造出了代表人类科技最高技术水平的龙骑手镯，手镯能够召唤出性格各异、能力巨大的机械恐龙。但是，一股想称霸地球的邪恶势力暗中精心策划了一起抢夺手镯的阴谋。黑暗势力在抢夺手镯失败之后，召唤出了具有强大破坏力的克隆异形-百兽王来袭击人类。为了对抗黑暗势力研制出来的百兽王，龙骑队员决定回到亿万年前的恐龙时代，找到五只最优秀的恐龙王的蛋，提取基因，完善龙骑手镯，抵抗百兽王。
陆国国君身中剧毒，性命危在旦夕，消失5年的儿子陆尘强势归来，一改以往废柴的人设，摇身一变成为实力强横又多金的存在，只见他不费吹灰之力，拯救陆国于水火之中，动动手指便解除老爹身上的奇毒，究竟是什么让陆尘改头换面？听说是有好几个美女师父？
