末法历2020年，因为魔法元素枯竭而走到了文明尽头的斯特恩大陆，在虚空风暴下迎来了大陆的毁灭。 大陆最后的法神叶玄，意外苏醒在了三千年前魔法文明鼎盛的时代，成为了大陆西北奥兰多王国边境西斯魔法学院的一名普通学生。 为了拯救大陆，让末日不再来临，叶玄开始探寻三千年前导致大陆魔法元素枯竭的黑暗动乱之谜，阻止大陆危机。 精灵族、巨龙、比蒙、兽族……一个个鲜活的种族，蓬勃的生机，辉煌的大陆，让叶玄愈发的清楚自己的使命。 万界法神，这个美好的世界，这一世将由我叶玄来拯救！
辰南一行人离开东褚国，拜师入学神岚学院，协同梦可儿等人共同探寻邪道破灭道的真相，同时辰南自身的身世秘密逐渐浮出水面。
东方神娃化为光明之土和水飞向失去光明的太阳和月亮，天下重现光明。但黑暗势力经过漫长岁月的重生，培育出了黑暗斗士，侵袭人间，人类面临危机。为了平息浩劫，东方神娃经过太阳和月亮的再造又返回天下。可是黑暗斗士把天下猛兽变成了猛兽斗士，成为黑暗的杀手，人类与动物的战斗开始了。东方神娃经过自己的努力感化了猛兽斗士们，并与宇宙斗士们一起再次打败了黑暗之势，拯救了和平的地球。神娃到底依靠什么一次次化险为夷，并战胜了强大的黑暗斗士呢？迷底就要揭出……
期末考结束后，零班成员除古月外在舞长空的提议下加入了唐门。回到东海城， 零班加入新成员许小言，正式成立了以唐舞麟为首的四人团队。为了即将到来 的天海联盟大比，舞长空对零班学员进行恶魔特训，正式开赛后，零班一路在 个人赛和团体赛披荆斩棘，但在和双胞胎对战的过程中，唐舞麟古月深受重伤， 零班不得不中途退赛。蛰伏三年后，零班学员在舞长空的带领下踏上前往史莱 克学员的路程。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
