神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
叽歪老表是一对永不消停的“虫兄虫弟”。表哥大叽是来自北方“南漂”的瓢虫，天性憨直傻楞，但却好运爆棚，遇事总能逢凶化吉。表弟小歪是在南方本地生活的潮虫，满脑子都是精明算计的歪脑筋鬼主意，但却总是搬起石头砸自己的脚。两兄弟混迹在游乐园旁的草地，遭遇了形形色色的人和事，开始了他们不停作妖捣蛋的爆笑日常。
古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
天才少年萧炎曾是万众瞩目的家族希望，却因斗气尽失无法修炼陷入人生低谷。自幼与萧炎定下婚约的纳兰嫣然被加玛帝国超级宗门云岚宗收为弟子，纳兰嫣然不满萧炎现状来到萧家强行退婚，萧炎为维护家族荣耀与她定下三年之约。萧炎拜师药老重拾信心，为尽快提升实力决定外出历练。萧炎告别父亲萧战与青梅竹马萧薰儿，踏上了一段惊险刺激的修行之旅。因自身功法特殊需要吞噬异火进阶，萧炎来到危机重重的塔戈尔沙漠探寻异火线索。
