《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
灵界之初，阴阳未分，瞑涬鸿蒙，后大道萌芽，灵神生其中，灵神创灵界万物，并于源神谷将自身力量化作【九件圣天灵器】，维持灵界稳定，生生不息。 灵界人族——炬皇，懵然中发现修炼大道碎片【灵气】的方法，以此成为第一代统治人族的王者，他发现了源神谷的强大力量，于是深入源神谷，妄图以凡人之躯掌握神之伟力，然圣天灵器异常强大非凡人所能染指，炬皇最终被强大的灵力吞噬，炬皇临终前有言：继承九件圣天灵器者，获永生，与天地齐寿。 现如今，普通人只能生活在圣天灵器护佑的城市之中，灵界被玄阳，月族和山海联盟分割，三足鼎立，勉强维持着表面的和平… 影月族族长之女影月琉璃作为影月族的继承人，天赋异禀，族人都希望她可以带着影月族重新崛起。但是琉璃却只想过简单轻松的生活，当一条咸鱼。
云青岩为了化解新的危机，拜入了天元王朝十大学院之一的星空学院，在这里他结识热血兄弟苏图图，同时也得罪了天元王朝最顶尖的三大天骄！不过云青岩凭借仙帝手段，镇压了一个又一个敌人，化解了一次又一次的危机。当他有一天，回首过去的时候，他已经站在了天元王朝的巅峰。此时的云青岩，眼中看到的，早已不是小小的天元王朝，而是那浩瀚无垠的星辰大海。
