神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
新的一年，青青大草原羊羊和灰太狼（张琳 配音）的故事也继续上演。而这一次的故事更加精彩，这群可爱的小家伙们上天入地，进行着各种各样的大冒险，也惹出不少乱子。比如村长（高全胜 配音）和红太狼（赵娜 配音）意外变成了鱼，迫使羊羊们和灰太狼钻入深海寻求解救的办法；又比如青青草原上的动物们阴差阳错跑去古古怪界旅游，致令潇洒哥和黑大帅这两个不靠谱的家伙再次活跃起来，惹出不少的笑话。 在此期间，灰太狼的儿子小灰灰（梁颖 配音）渐渐长大，灰太狼立志将他培养成名声显赫独当一面的抓羊高手，而小灰灰和懒羊羊（梁颖 配音）他们的友情则日益加深，由此也引出无数好玩的故事。
这个世界是存在异人的。 张楚岚就是一个隐藏在普通人中的异人。在生命的前19年中，他一直小心隐藏着自己和别人的不同。直到有一天，神秘少女冯宝宝找上了他。从此他被活尸追，被怪人砍，被卷入了前所未见的麻烦之中……
这个星球被DS（达摩克里斯）科技军队占领，强AI（人工智能系统）是这个军队的首领。反抗AI和DS的鹰隼部队，对疯狗镇（DS试验场）进行肃清。原为疯狗镇电工却拥有既视感（短暂预测未来）的马三、神秘女子洛凝和改造人翎以及黑客小海一同反抗并逃亡。疯狗镇的主人（“神父”莫比）乘火箭逃离殖民星球，疯狗镇的众人即将被火箭烈焰活活烧死，马三为救众人连接了AI天眼卫星，成功阻止神父并和众人逃出了疯狗镇，这一举动暗示马三可能来自DS，马三也开始对既视感的来源产生怀疑？ 众人来到被一群末世难民占领的废弃驿站，这里的首领封子昂认出马三，称呼他为长官，随即自愿帮助马三找回记忆，但殊不知，这只是一场阴谋的前奏……
