神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
沉没多年古船离奇现世，男孩馒头意外闯入，却发现船上聚集着诸多亡魂……一场大雨过后，“蝼蚁”重生，命运会有改变吗？
唐三藏师徒取得奇经交予天庭的十六年后，世界却并没有因此变好。如今奇经下落不明，天庭派大军大肆搜寻，以天羽山之战为起点，狼妖白狼不辞万难地寻回当年取经的唐僧师徒，小队集结踏上还经之路……史上最颠覆的西游传奇便在此展开。
