虽然我是白豚贵族，但因为我有前世的记忆，所以我在养育弱小的弟弟

　　《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起，以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物，红世之徒，戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说，故事会对第一季的一些伏笔作出解释，并加入不少这个时代的小故事。第二季STAFF和声优会由原班人马担任，“钉宫之誓”依旧强势走高。
　　夏天结束后，新学期开始了
　　许多事物没有任何变化，但是同时也有不少事情逐渐发展着…
　　池和吉田，绪方和田中之间产生了些许微妙的关系
　　还有在我身旁，飘逸着长发的夏娜…
　　但是，这一切似乎有着一丝奇怪的违何感
　　在我们所不知道的地方，红世之徒再次展开了行动…

在计算机宅男阿学遭到混混纠缠时，出手救了他的是隔壁班素昧平生的阿阳。脑子动得快、八面玲珑、做坏事却不懂得踩剎车的阿阳，与有着沟通障碍、计算机知识却非常丰富的阿学，两人就此结下不解之缘，成为互补的最强搭档。毕业后，两人决定白手起家创业，一起赚到能买到世界上任何想要东西的「一兆美元」！为此，他们决定挑战世界级黑客大赛SECCHAM……！

故事发生在圣夜学园之中，日奈森亚梦（伊藤加奈惠 配音）是就读于五年级的女生，外表看来，她沉默寡言特立独行，可实际上，那不过是亚梦害羞的表现罢了，在内心里，她亦希望能够和同学们打成一片，和睦相处。一次偶然之中，亚梦得到了心灵之蛋，从蛋中孵出的守护甜心，即是她理想中的自己。                                                                      　　拥有了守护甜心，亚梦被邀请进入了校园里名为“守护者”的组织之中，亚梦得知，守护者们正在寻找一颗名为守护胚的魔法蛋，只要拥有了这枚魔法蛋，便能实现任何愿望。同样在寻找着守护胚的还有名为EASTER的神秘集团，他们不择手段的依靠腐化他人的心灵来达到自己的目的。

「在逐渐沉没的世界，我找到了你。」                                                                      　　在近未来，不明原因的海平面上升导致大面积地表被海水淹没。                                                                      　　幼时因意外事故失去了一条腿的少年斑鸠夏生厌倦了城市生活，迁居到了海边的乡村小镇。                                                                      　　他无亲无故，留给他的只有曾属于海洋地质学家的祖母的船和潜水艇，以及债款。                                                                      　　夏生为了取回自己“失去的未来”，潜入大海寻找据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。                                                                      　　他在那里找到的，是沉睡在棺材状装置中的神秘少女——亚托莉。                                                                      　　她是几乎与人类无异的，精巧且感情丰富的机器人。                                                                      　　从海底被打捞上来的亚托莉说道。                                                                      　　「我想完成主人留下的最后一道命令。在那之前，我来做夏生的脚！」                                                                      　　在逐渐沉入海中的安宁小镇，少年与机器人少女难以忘怀的夏天开始了——

最強ギルドの座をかけ、ナツたちの新たな物語がはじまる。ナツたちが不在だった7年の間に、フィオーレ王国最弱の魔導士ギルドとなってしまった「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」は、No.1ギルドを決める祭典・「大魔闘演武」での優勝を目指す。大会四日目、ナツ＆ガジルは、現最強ギルド・「剣咬の虎（セイバートゥース）」の双竜と呼ばれるスティング＆ローグと対戦。ナツは、双竜が放つ渾身の合体魔法（ユニゾンレイド）を、ギルドで育まれた想いの力と圧倒的なパワーで撃破する。この勝利により、見事1位に踊りでて歓声をあげるフェアリーテイルとそのメンバーたち。一方、対戦途中でナツにより闘技場から追いやられたガジルは、偶然にも闘技場の地下でドラゴンの死骸が大量に横たわる墓場を発見する。また、大魔闘演武の裏で暗躍する「ゼレフと似た魔力を持つ者」を探していたジェラールは、ついにその人物を追い詰めるが、素顔を見て驚愕する。大魔闘演武最終日、7月7日。この日は、かつてドラゴンが一斉に姿を消した日でもある。大会最終日の始まりとともに、それぞれの思惑が絡み合い、新たな事実が動き出そうとしていた。

　　湘北高中的一年级新生樱木花道在初中就有了被50个女孩抛弃的“悲惨”经历，最后一个女孩抛弃他原来是看上了篮球部队小田，由此樱木对篮球更是深恶痛绝。进入高中后，樱木看上了美少女赤木晴子，晴子十分热爱篮球，为了赢取晴子的芳心，樱木决定加入篮球部。在侥幸赢得与篮球队队长赤木刚宪的打赌后，樱木顺利加入了篮球队。随着国中篮球联赛的最有价值球员流川枫的到来、伤愈复出的控位宫城良田以及误入歧途的前国中最有价值球员三井寿的回归，去年不堪一击的湘北篮球今年可谓人强马壮，虽然问题少年一大帮，但是在队长赤木刚宪的带领下，这一群以全国第一为目标的篮球少年正朝着自己的梦想进发！

　　在遥远的地方，有一个洋溢着各式各样的童话故事、可爱和快乐的国家“童话国度”（Märchen Land）。然而，恶之皇帝皮耶罗（Piero）把“童话国度”的女王彻底封印。精灵糖糖（Candy）随即前往地球，寻找传说中的战士“光之美少女”。
　　转学生星空幸接获一本从天而降的绘本，里头的精灵糖糖竟然实体化。直到下课时，她被扯入异次元世界，只见皮耶罗和糖糖正在对峙。幸决定接受糖糖的求救，变身成“乐天使”。此后，她将和学校中的四位同学成为“光之美少女”，一同聚集象征幸福的“治愈饰物”（Cure Decor），好让女王复活对抗敌人。