使人误解的工房主～关于原英雄队伍的杂役人员，实际上除了战斗能力外全是SSS的故事～

　　在远离大都会的乡下，有一个名叫“企鹅村”的小村庄，这里住着一个名叫则卷千兵卫的天才博士。他发明了各种各样奇怪的道具，而女孩子机器人阿拉蕾正是他的诸多作品之一。阿拉蕾力大无比，聪明非常，不过却只有幼儿园小朋友的心智，所以她爱笑爱闹，更喜欢用树枝戳大便。不久，博士和阿拉蕾乘时光机从远古带回来一只恐龙蛋，从中孵化出外形如婴儿确实超级大胃王的阿卡。阿卡和阿拉蕾成天搅得博士手忙脚乱。
　　当然，企鹅村远不止则卷家的这几个活宝，吃草莓的超人、屁股和鼻子都长在头顶的尼可家大王、牛奶糖4号等，这群怪人让企鹅村每一天的生活都充满了乐趣……

　　一名作家在作品未完成之时不幸撒手人寰，留下了作品中没有结局的王子（矢剃直树 配音）独自徘徊，王子和故事中的宿敌乌鸦来到了现实世界中，为了保护现实世界里的生灵，王子用自己的心封印了邪恶的乌鸦。
　　作家的鬼魂不甘心看到自己的故事就此停滞，他给了一只鸭子一条神奇的项链，鸭子因此而化身成为了雅喜儿（加藤奈奈绘 配音），她的使命就是找到王子因为封印乌鸦而四处散落的心之碎片。一次偶然中，法齐亚（樱井孝宏 配音）拾得了王子的心脏，将其取名为缪，害怕雅喜儿将缪诗夺走的法齐亚禁止两人见面，但缪诗反而因此而对雅喜儿充满了好奇。

　　和他同乘一班列车的少女桂言叶（冈嶋妙 配音）让伊藤诚（平川大辅 配音）久久不能忘怀，两人看似遥远的距离被日复一日的电车生活慢慢拉近了。在青少年间有一个传说，如果把喜欢的人的照片设置成为手机背景并且3个星期不被人发现的话，就可以实现成为恋人的愿望，虽然诚并不相信，但为了抒发他对言叶的感情，他仍然照做了。诚的同桌西园寺世界（河原木志穗 配音）发现了诚的秘密，热心的她决定帮助诚达成他的愿望。但在这过程中，西园寺世界发现自己对诚的感情有了微妙的变化，看着满眼只关注着言叶的诚，西园寺世界的心情非常复杂。
　　诚终于向言叶坦白了自己的心情，两人相约在车站见面，然而满心欢喜来到车站的诚却发现，等待着自己的是西园寺世界。天生优柔寡断的诚无法妥善的处理这复杂的三人关系，一系列不负责任的错误选择把诚推向了无法挽回的悲剧之中。

身为蒙太古（石井康嗣 配音）的儿子，罗密欧（水岛大宙 配音）一出生就拥有着显赫的家世，然而，叛逆倔强的他并不愿意走上父亲为他一手安排好的道路，为了能够体验生活了解民情，罗密欧决定“微服出巡”。在一场盛大的舞会中，罗密欧遇见了名为朱丽叶（水泽史绘 配音）的女子，朱丽叶的美丽和开朗深深地吸引了罗密欧的注意，两人之间产生了真挚的感情。                                                                      　　然而，罗密欧并不知道，朱丽叶出生于曾经显赫一时的凯普莱特家族，而如今，她却成为了这个惨遭灭门的家族中的唯一后代，而致使这一惨剧的不是别人，正是罗密欧的父亲。就这样，一段注定得不到祝福的恋情拉开了序幕，同时上演的，还有蒙太古与开普莱特家族曾经的恩怨情仇。

　　全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。
　　在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。
　　科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。
　　由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！
　　冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼

　　C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......