欢迎来到日本，精灵小姐。

佐藤真冬、上ノ山立夏、中山春樹、梶 秋彦のバンド「ギヴン」は、フェス出場をかけたコンテストに落ちるも、メジャーデビューへの誘いがかかる。各メンバーがデビューに前向きな姿勢を見せる中、真冬は答えを出せずにいた。                                    
                               　　一方、メジャーデビューを決めた鹿島 柊と八木玄純のバンド「syh〈シー〉」。                                    
                               　　一時的なサポートギターとして加入していた立夏は、柊から託されたある曲を完成させようとしていた。                                    
                               　　そんな中、立夏のもとに真冬から「あいたい」と連絡がくる。                                    
                               　　ただならない雰囲気を感じた立夏は真冬のもとに駆けつけるが、真冬の音楽を拒むような態度に気づいてしまう。                                    
                               　　立夏への想い、音楽への想い。                                    
                               　　さまざまな気持ちの前で戸惑い、立ち止まってしまう真冬。                                    
                               　　そんな彼に声をかけたのは、世界的に活躍するヴァイオリニスト・村田雨月だった。

　　故事发生北宇治高中，黄前久美子（黑泽知叶 配音）刚刚踏入校园，对于未知的高中生活，久美子充满了憧憬。加藤叶月（朝井彩加 配音）是久美子的同级生，在叶月的极力劝说之下，耳根软的久美子在半推半就之下加入了学校的吹奏乐部。曾经，吹奏乐部有着十分辉煌的历史，然而，在换了顾问之后，吹奏乐部渐渐落寞，如今，音乐老师泷升（樱井孝宏 配音）作为新的顾问新鲜赴任，他对重振吹奏乐部，进军全国大会有着极大的信心。
　　个性乐观开朗的川岛绿辉（丰田萌绘 配音）、理智冷静的高坂丽奈（安济知佳 配音）、大姐头田中明日香（寿美菜子 配音），在这些前辈们的陪伴和指导之下，久美子快乐的高中生活就此拉开序幕。

　　2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即 GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。 　　另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。 　　2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源渡开始执行“碇源渡版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。 　　2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种巨型人形生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源渡秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源渡的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。 Director's Cut版本的第21～24集由剧场版《Death》篇剪辑而成，收录在20周年纪念版的蓝光中。

　　春季的高中排球宫城县预选中，                                    
                               　　在一番激斗后取胜，终于实现在全国大赛中出场这一夙愿的乌野高中排球部。                                    
                               　　就在他们为全国大赛做准备的时候，                                    
                               　　传来了影山受到全日本青年强化合宿召集的消息。                                    
                               　　而月岛也受到宫城县一年级选拔强化合宿的召集。                                    
                               　　同为一年级，对于差距感到不安的日向，擅自前去参加宫城县一年级选拔强化合宿，但……！？                                    
                               　　以全国大赛正赛为目标，日向、影山以及乌野高中排球部开始了更加艰巨的挑战——！！                         

煌历3015年，世界因两个超级大国的冷战而四分五裂，原本守护岛国尼尔·卡姆伊的“红龙”发生异变而暴走。为此，来自三国的精英们组成了名为“混成调查队”的部队，岛国的命运将背负在他们的身上……