2012年日蚀的一天进行名为“魔宴（Shabbat）”仪式，从而诞生出魔物“魅影（Phantom）”肆虐。 本作主角操真晴人在此仪式中生还，如谜一般的白色魔法使把变身系统Wizard Driver交付给他并变身成为假面骑士Wizard。 从此踏入守护人类及与魔物战斗的命运。
ドラッケンが率いる火・風・水・土を操る4人の特殊部隊「エレメント４」がシキたちの前に立ちはだかり、ワイズやホムラが苦戦している様子が見て取れる。加えて、強者のオーラが溢れ出るドラッケンの「お前の冒険はここまでだ」のセリフの後に、力尽きたようなシキの姿が映し出されるなど、第1期からさらに激しさを増した戦いが第2期では繰り広げられているのは間違いない。シキ達の冒険は終わってしまうのか…‼
因过去的心理阴影而以独自的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，由于意外的事件而被生活指导担当教师平冢静带去“侍奉部”并加入其中。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到文化祭实行委员的运营，度过着解决各种案件的每一天。 时至秋日，八幡等二年级学生前去修学旅行。此时，侍奉部接收到了一个委托。 随着新登场的一色彩羽的加入，他们的关系更加错综复杂。 ——八幡空虚的价值观也有了少许变化，在这些经验过后，他的高中生活又将迎来新的展开。
