黄昏旅店

　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

以世界史为主轴，将世界上各式各样国家固有的风俗、风潮、风气、水土等模拟到人物身上，将国家拟人化的历史喜剧。以主角意大利所属的轴心国为中心，在史实中夹杂民族诙谐，描写各国的各种事情。

　　在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）

　　在帝爱集团会长·兵藤和尊的命令下，                                    
                               　　被交付了由债务者们进行的“死亡游戏”这一企划的干部·利根川幸雄！！                                    
                               　　立刻召开企划会议的利根川，摆在他面前的是受难……！！烦闷……！！以及绝望……！！                                    
                               　　描绘夹在会长与黑衣人之间苦恼不已的利根川的恶魔外传，动画化始动……！！                         

因过去的心理阴影而以独自的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，由于意外的事件而被生活指导担当教师平冢静带去“侍奉部”并加入其中。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到文化祭实行委员的运营，度过着解决各种案件的每一天。 时至秋日，八幡等二年级学生前去修学旅行。此时，侍奉部接收到了一个委托。 随着新登场的一色彩羽的加入，他们的关系更加错综复杂。 ——八幡空虚的价值观也有了少许变化，在这些经验过后，他的高中生活又将迎来新的展开。