神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
这是一个学习成绩决定了一切的世界，在这个世界里，在测验里拿到高分的人能够顺理成章的过上无忧无虑的幸福生活，而等待着那些落榜者的，就只是悲惨的惩罚。如此严苛的纪律使得人们自动分为了两派——注重实力，以真材实料取胜的L型，以及依靠着旁门左道的作弊技巧取胜的C型。 当然，单纯的L型或是C型都无法在日渐激烈的考试竞争中挣得上游，唯有两种类型的人组成搭档，才有可能获得最终的胜利。我们的主人公诸葛睦明（山口智大 配音）就是一个典型的C型选手，一日，他偶遇了非常优秀的L型选手黄巧衣（钉宫理惠 配音），一番波折之后，两人决定组成搭档。
故事讲述了性格孤僻冷漠的主人公贝恩，来到异大陆后邂逅一群命运类似但性格炯异的战友们，发现新能源世界的各种阴谋，与之不断斗争和成长的故事。
兔子经过艰苦奋斗，终于排除万难建立了新的种花家。然而兔子饱受鹰酱、大熊的孤立，不得已和单纯的河马们交了朋友。在兔子的经济、军事援助下，以坦黑叔为代表的河马实现了军事上的长足发展，兔子也终于在第三世界立稳脚跟。与此同时，兔子和毛熊的关系不断恶化，双方在珍宝岛爆发了武装冲突。没有永远的朋友，只有永远的利益。曾经视为寇雠的兔子与鹰酱相互试探，最终建交。为了遏制毛熊的势力，鹰酱协助种花家重返联合国，并给予了极大了武器输出支持。 种花家在兔子的带领下，一步步走向富强……
