天赋异禀的灵宠师樊凌霄，于甲级门派晋升赛上遭人暗算，被自己的灵鲲所吞噬。睁眼醒来却发现自己已化身为一名叫“流锋芒”的少年，身处白府大牢之中，其门派凌霄阁也走到了绝境。为查明灵鲲反噬真相与重振门派，樊凌霄带着现有的几只灵宠，与谷灵、程曦、月彤，一起踏上了全新的冒险之旅。
普利斯凭借拥有超星核的钢齿虎，控制了整个超好玩联盟的日常生活。表面上，外星居民都十分快活与自由，但实际上却是处处受控，甚至连基本生活作息都被彻底打乱。迷糊博士带领着猪猪侠等五名特工和超萌宠，为星盟的居民请命，解决困难。但一次意外，迷糊脑部受了重伤，成了一个神经兮兮的科学怪老伯，并与大伙失散了。在乌吧星城内，一边躲开普利斯的耳目，一边寻找迷糊博士的下落，猪猪侠等人疲于奔命。幸好在外星居民的协助下，猪猪侠和迷糊博士重聚，与此同时，普利斯也率领钢齿虎军团包围了整个迷糊博士的实验室。然而，迷糊博士一改昔日的逃跑战术，最终决定带领猪猪侠等人，堂堂正正地跟普利斯来一场萌宠科技大战。
该片讲述生活在仙灵大陆的小天，一直梦想着能和仙人的后裔一样，成为拥有灵兽的超级仙灵师。有一天，在机缘巧合之下，小天和上古灵兽玉骐麟相遇，二人成为好朋友，相约一起闯荡江湖，参加仙灵大赛。在旅途中，他们不断战斗并收服了各种各样的奇异灵兽，也认识了凤儿、龙马等仙灵师伙伴，大家为了各自的目标而努力着，而小天和玉骐麟，也渐渐发现了自己的真正使命。
