故事讲述的是受到指令机的召唤天乐与美美一起来到了彩虹国，为了拯救这个世界，他们与指令宝贝红宝开始了一段奇幻的冒险之旅。在这个旅程中他们了克服各种困难，结识了更多同伴，最终凭着友情、爱与正义的力量拯救了彩虹国。
静电超强力？午饭变酸了！没想到这个世界除了有烦恼星人，还有麻烦分子！麻烦分子比烦恼星人还小，小到肉眼看不见，超迷你战士必须把自己缩小到千分之一，才能进入纳米世界打击新形态的敌人；麻烦分子看起来天真无辜，却能对人类世界造成极大的麻烦，到底它们从何而来，又有什么目的呢？快呼叫超迷你战士，打败你的麻烦！
