神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
自从王陆以灵剑派仙人为目标展开修行已经过了两年的岁月。他被赋予了“降临下界与俗世接触”的试炼，并前往自己出生的故乡。
玩家东东因意外穿越进游戏《天青》成为最弱小野怪﹣﹣骷髅，不明情况的东东凭借自己多年的游戏经验，初期收获了一群野怪小弟。 在与女主泡泡相遇后，与之签订契约成为最强宠物，带领着泡泡与后续结识的好友们共同在《天青》中开始搞笑、精彩的冒险。 同时，东东发现游戏中 NPC 、野怪逐渐觉醒且对人类世界产生向往这一现象。为弄清真相，以及回归正常生活。东东所领导的主角团、觉醒 NPC 、普通游戏玩家、游戏运营 公司等多方势力围绕着两个世界的联系开始角力。
