斗罗最终战的二十年前，武魂殿曾阴谋一统整个魂师界，吞并所有宗门，七宝琉璃宗首当其冲，陷入危难，骨斗罗带着宗门少主—五岁的宁荣荣请剑斗罗出山相救，于是剑斗罗尘心带上小荣荣踏上了一条生死逃亡路，然而他们所不知的是，这条路的背后竟是一场将会影响斗罗大陆的巨大阴谋……
仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙，却不慎破坏了神官们的金殿，无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中，谢怜结识了两位来帮助他的小神官，并认识了诡王花城，四人一同解决了一件件诡谲的事件，并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。
古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
“武”是指道义，“拳”并不是指拳头，而是握紧的希望！这个世界上所有人都在锤炼自身的能量“武魂”，以双手作为媒介而附上自身的灵魂，从而进行征战，这群人被取名为“武拳师”！这是一个关于武拳师英武向命运抗争，对抗邪恶的王道少年热血故事。
会突然出现接二连三的反常现象：人类的世界惊现原始恐龙，阿莱达星兽基地被恐龙凶兽龙始祖入侵等等，这一桩桩怪事为何发生？答案竟和龙源纪的一道镇守令——龙的密令遗失相关！斗龙战士们将如何对抗这股来路不明的黑暗力量？他们将会面对怎样的重重磨难？人类世界能否回归和平？带着这一系列的疑问，斗龙战士们，开启新的旅程吧!
