《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
在距离魔仙堡不远的地方，有着另一个魔法王国，名叫“魔法彩灵堡”，这里是一个充满色彩、充满欢乐和充满幽默感的世界。彩灵堡魔法世界仿佛就是一个无忧无虑、和平欢乐的魔法国度。直至一天，在彩灵 堡魔法王国边缘，一个黑灰色的小岛上，小岛的主人——黑咒魔王刚从长眠中醒过来。黑咒魔王为了要让黑咒岛变得更强大，他的方法就是要将彩灵堡的“色彩魔法能量”占为己有，性格怪癖的黑咒魔王派遣他的手下——黑豆兵，秘密潜入彩灵堡，偷取色彩能量。彩灵堡公主眼见自己的国民被欺负，自己又因为被神秘的咒诅变成了一只精灵而无计可施。但她怎么也想不到，竟然会有三个来自人类世界的奇怪美少女，成为她的亲密伙伴，跟她一起对付黑咒魔王。而这魔法小国和平欢乐的气氛也因为这三个从人类世界闯进来的少女而发生了很大的变化
穿书成反派赘婿的李雨果，后宫才刚营业，就被困于危机重重的黑森林之中，且看赘婿李雨果如何绝处逢生，与叶琼斗智斗勇，守护粉红佳人！
小狐仙瑶玲失手将天国珍宝《圆梦书》散落到了人间，无奈之下，她不得不下凡寻找此物，然而，瑶玲不过只是一个六岁的孩子，凡间有趣的事情太多，她左顾右盼，几乎忘记了要寻找《圆梦书》的使命。 一次偶然中，瑶玲遇见了名为江贤的小学三年级男生，瑶玲答应江贤帮助他实现一个愿望，于是两人结伴踏上了寻找《圆梦书》的旅程。邪恶的黑狐仙亦对《圆梦书》虎视眈眈，她是瑶玲最强劲的敌人和对手。江贤喜欢上了名为瑶兰的女生，然而，他并不知道的是，其实瑶兰正是瑶玲在遇到危机情况后的变身。随着时间的推移，《圆梦书》的下落渐渐浮出水面，瑶玲最终能够完成她的任务吗？
