故事前半段以新女主角风音日和的视点进行展开，对TV版的情节重新描述。“原来那一幕也有日和出现过！”，即便是热情的粉丝一定也能体会到这种充满新鲜感的惊奇。 本作的主线为后半段日和加入新大陆发现部的故事，以从未在电视版阐述过的新大陆西那普斯之谜为主轴，以及电影大银幕才可能实现的浩大规模所打造出的这部全新电影，即便是之前没看过电视版的观众，在第一次接触这部电影之后，也能轻松地与日和一起融入天降之物的世界。
《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，但因为中途漫画故事情节进度跟不上，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创作故事奠定下基础。 决斗者王国篇 一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。 战斗城市前篇 决斗者王国一战结束，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石板来到日本展览，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆，海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了战斗城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘也跟着亮相，而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆，也就是无名法老王的记忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗；神秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参杂其中。 乃亚篇（动画原创） 战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统，因而改变了航线，阻挡在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而又出现了神秘的人，自称是“五巨头”，他们还要武藤游戏等人的身体，一场赌上各人性命的决斗，而他们又发现五大老的头，叫乃亚的小孩，却是刚三郎（海马的养父）的儿子！！一场大战即将展开。 战斗城市后篇 战斗城市最终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的理由，城之内为了成为真正的决斗者、救出被马利克进行黑暗游戏惩罚的孔雀舞，海马为了与宿敌游戏决斗、为了铲除可恶的古鲁斯首脑并得到太阳神、为了完成海马乐园的梦想，游戏为了实现与城之内的诺言、与海马宿命的对决、救出被暗马利克施予黑暗游戏惩罚的人们、更为了自己遗失的记忆，他向马利克宣战。 多玛篇（动画原创） 战斗城市结束后，武藤游戏遭受到了不知名力量的阻挡，而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢走，这个神秘的多玛组织抢走神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡片——“奥利哈刚的结界”拥有的黑暗能量，又会带给使用这张卡片的人什么样的改变；黑魔导女孩从精灵的世界降临，向武藤游戏请求援助，人类世界与精灵世界的命运会如何，无名的传说之龙又会怎么样的帮助游戏等人。 海马集团大赛篇（动画原创） 多玛事件结束后，武藤游戏和同伴因没钱回不到日本，无奈之下请求海马公司，却阴差阳错的参加了海马集团为维护声誉的比赛。全世界的决斗者聚集在这，一场别开生面的比赛就此展开。 王之记忆篇 为了寻找寄宿在千年积木中无名法老王灵魂的真实姓名与记忆，武藤游戏与朋友们踏上了埃及之旅，在记忆石板的背后，解开了无名法老王的过去记忆，暗貘良也趁此时蠢蠢欲动，利用了千年智慧轮的黑暗力量，在千年积木内进行了一场黑暗RPG，这场黑暗RPG游戏中，直接以无名法老王的记忆当作背景，暗游戏必须从这场黑暗游戏中找回自己的真实姓名、得知自己的过去，并且打败大邪神佐克，再一次封印，否则大邪神佐克也会在现实世界中复活。 共有224集。
高中生齐木楠雄是超能力者。心灵感应、念动力、透视、预知、瞬间移动、千里眼等，不论任何事情都自由自在。但这任谁都羡慕不已的最强能力，实际上对于本人而言是引来灾难的不幸元凶。因此，他在别人面前封印了超能力，以不起眼、不和他人有所牵扯为信条，默默无闻地过日子。但不知为何，他的身边总是聚集着不可思议的人类（生物），风暴般的灾难接连不断地降临！
故事发生在一个人魔共存的世界之中，格斯（岩永洋昭 配音）是一名身形强壮的雇佣兵，在战场中杀人如麻所向披靡，然而，格斯虽然看似无坚不摧，但痛苦和孤独始终折磨着他的内心，让他无法获得安宁。一次偶然中，格斯遇见了由格里菲斯（樱井孝宏 配音）所领导的鹰之团，格里菲斯热情的邀请格斯加入他们的队伍之中。 骁勇善战，巾帼不让须眉的千人长卡思嘉（行成桃姬 配音）、性情温和足智多谋的捷度、年轻却深受器重的里基特（寿美菜子 配音）、身材魁梧但性情老实的比宾，在鹰之团里，格斯结识了这些志同道合的伙伴们，彼此之间结下了深厚的情谊。哪知道，就在鹰之团逐渐得到了国王的器重的同时，格里菲斯为了获得超人的力量而将所有的团员们都献祭给了恶魔。
有着非凡的姿容，和卓越战斗力的少年·亚修。统领街头暴力团的他听到了，被手下所杀的男人在临死之际说出的“BANANA FISH”的神秘话语。与此同时，他与作为摄影师的助手来取材的日本少年·奥村英二相遇。两人决定一同追寻“BANANA FISH”之谜——
そこで出会った謎の少女「アク」や聖女「ルナ」などのGAMEの配下や異世界で出会った仲間たちと共に着々と異世界での地盤を固めた彼は、現実世界に戻る術を探すべく新たな旅へ踏み出した。 「魔王」を中心とした物語が再び動き出す……！
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
小津一家独自居住在一栋西式大宅里。其一家之主是深雪、与经营自营农园的长子・莳 魔法战队魔法连者标志 魔法战队魔法连者标志 人负责养育著其余四个孩子，一个过著普通生活的家庭。 就在一个星期日的早上，在一家人的面前出现了一个魔法阵，而从里面居然跑出一个丑恶的妖怪。就在孩子们不知如何是好的时候，妈妈深雪拿出一个造型奇妙的移动电话，并且用它变身成像是穿着白色战衣的天使一般的形态，将妖怪两三下打倒。 回到家后，深雪告知惊讶不已的孩子们说。先前所打倒的妖怪是为了侵略地上界而曾被“天空圣者”所封印的地底冥府印菲西亚的冥兽。自己是为了与复活的印菲西亚战斗，授以天空圣者的魔法可变身成魔法使・魔法圣母。而且孩子们也与自己同样拥有魔法使的资质……
