“你无论如何都有想要杀掉的人，无论怎样都想要杀人吗。” 福冈是个外表看起来很和平的城市，但暗中却蔓延着犯罪。如今在杀手行业的激战区，存在着专以杀手为目标的杀手——甚至出现了这样的都市传说。 杀手、侦探、复仇代理人、情报商、拷问师etc——，从事黑暗行业的男人们的故事编织而成之时，“专杀杀手的杀手”现身了——。
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
男孩子气的女高中生相泽智向初中前一直把自己当成男生的青梅竹马久保田淳一郎表白，却收到了“我也爱你！挚友！”的回答。想要被喜欢的男生当成“女孩子”看待！“男孩子气女生”校园爱情喜剧，开幕！
某个大陆的、某个时代。 大陆南北分割的战争结束了，世界逐渐走向了和平。 在战争中、作为军人而战斗的薇尔莉特·伊芙加登离开了军队，来到了大港口城市。怀抱着战场上一个对她而言比谁都重要的人告诉了她“某个话语”――。 街道上人群踊跃，有轨电车在排列着煤气灯的马路上穿梭着。薇尔莉特在街道上找到了“代写书信”的工作。那是根据委托人的想法来组织出相应语言的工作。 她直面着委托人、触碰着委托人内心深处的坦率感情。与此同时，薇尔莉特在记录书信时，那一天所告知的那句话的意思也逐渐接近了。
以节能为座右铭的高中生折木奉太郎， 为一个小小的原因而加入了濒临废社的“古典文学部”。古典文学部的社员，包括他在社里认识的好奇宝宝，也就是女主角千反田爱瑠，还有他从国中就认识的伊原摩耶花和福部里志。这是他们四人以神山高中为舞台，对一桩桩事件展开推理的青春学园推理剧。“我很好奇！”奉太郎平静的灰色高中生活，因为千反田的这一句话而为之一变！
