SHUFFLE第二季如果要说，根本无法说的上是第二季，只能称得上是第一季的总结，总共12话，1－11话内容完全重复，分别介绍了每个女主角的经历。第12话是番外篇，也是真正实意上的OVA了。
主角秦尘本是武域中最顶尖的天才强者，却遭歹人暗算，陨落大陆禁地死亡峡谷。必死无疑的秦尘，却意外触发神秘古剑的力量……三百年后，天武大陆偏僻之地，一位同名少年意外继承了秦尘的意志。作为大齐国军神定武王的爱孙，却因生父来历成迷，母子二人在定武王府中受尽冷遇，相依为命。为了重写望日的强者神话，也为了守护自己所爱的一切，秦尘毅然决然扛起维护天下五国的大任，再度踏上武道之路。
主角苏奕前世是独尊大荒的玄钧剑主，为追求无上剑道，选择转世重修，不曾想，在转世后，他最信任的大弟子勾结外敌，最宠溺的小徒弟为了得到九狱剑，也选择了背叛…… 转世后，苏奕的新身份是世俗国度大周玉京城苏氏的庶子，自幼备受冷落，怀疑母亲叶雨妃之死，和生父苏弘礼有关，为查明真相，毅然在十四岁那年离家出走，前往青河剑府修行。 不曾想，三年后，在苏奕即将成为青河剑府内门弟子时，忽然在一夜之间失去修为，沦为废人，就此成为青河剑府弃徒。 跌入低谷的苏奕，被迫接受苏家力量的安排，成了偏远小城三大宗族之一文家的上门女婿。 其妻
秦牧天生凡体，历经考验成为天魔教教主，被延康国封为第一任太学博士。延康国叛乱之战中秦牧引来魔神，掀起浩荡风云，后随武可汗入楼兰黄金宫，一个人打遍圣宫无敌手。他返回延康,助国师平叛、造射日神炮，后得人皇传承成为新一代人皇。机缘巧合下秦牧得知自己的身世,借助道门小玉京等人帮助，开启道法神通改革的大世。
