故事內容講述女主角最上恭子本來只是一名京都的國中畢業生，因為青梅竹馬──不破尚的請求而放棄高中随他來到東京。不破尚為成為藝人而努力，但恭子為了照顧他每天瘋狂打工、完全不顧自己卻無怨無悔。不破尚來東京不久後迅速走紅，開始疏離恭子。终於有一天恭子發現不破只是利用她。恭子受到巨大傷害，完全失去愛人和期待被愛的心。由於不破的一句：「如果你要想報仇就進入藝能界吧。」恭子以無比的怨恨來立志成為藝人，以狠狠打擊不破尚。（之後故事內容就是其後努力的發展。）
我是圭太，一名正准备中考的学生。 我正在一对双胞胎姐姐的帮助下努力学习。 但该说是幸福呢还是不幸呢，两人都超积极！ 而且都是回头率十分高的美少女。 究竟这禁忌之恋能否实现呢？…… 啊不是！是能否考上高中呢！？ 当初圭太虽表现得很讨厌，但逐渐和双胞胎姐姐亚香、理香的距离缩短了…… 在姐姐们各自的要求下，嘴唇曾几次互相重叠。 在不知不觉间已向禁断的二等边三角关系迈进……
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手（Imagine Breaker）”，而得到吊车尾的“无能力”的评价，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录（茵蒂克丝）”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝关联的“魔法”侧双方的事件过程中，他的人际关系也逐步扩展。随后，魔法侧的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到了上条的存在……。 就像是在呼应魔法侧一样，科学侧的学园都市也开始了行动。但是，为了与突然开始对立的世界变化相抗争，那些因为上条的关系，而使命运大为改变的“英雄”们不断地出现。 就像上条当麻做过的那样，他们也挺身而出与世界对峙。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
男孩子气的女高中生相泽智向初中前一直把自己当成男生的青梅竹马久保田淳一郎表白，却收到了“我也爱你！挚友！”的回答。想要被喜欢的男生当成“女孩子”看待！“男孩子气女生”校园爱情喜剧，开幕！
天生拥有一头如红频果般美丽发色的少女，白雪，因为这样的稀有发色而被恶名昭彰的拉冀王子看上，打算强行纳她为爱妾。感到困扰的白雪决定离开自己的国家，并在邻国克拉利涅斯的森林之中，遇到了一名少年，千。 在与千成了朋友，且与拉冀王子有关的问题也解决后，白雪决定在克拉利涅斯王国留下来，朝自己的目标努力着......
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
